改善R中网络图的布局和分辨率

Question

好的，我在R中作了一个图。我也将其放大。显然，我无法保存缩放版本（但是，它似乎也没有太大帮助）。我将链接附加到原始图像。我想要的是，如果我通过外部软件放大图像，则不会丢失信息或像素。同样，在使用R给定的内置缩放之后，我看不到节点，因为它们被许多其他节点重叠。以任何方式可以改善图片质量，或者至少可以看到所有节点？

这是链接：

https://www.dropbox.com/s/m4rdf7ux8yeogb4/Rplot.pdf

我作图的文件是这样的，

   "X1" "X2"
"1" 10 123
"2" 4 186
"3" 12 1959
"4" 61 882
"5" 96 431
"6" 14 1617
"7" 37 1536
"8" 17 292
"9" 17 768
"10" 17 2049
"11" 39 1437
"12" 5 25
"13" 36 592
"14" 32 855
"15" 10 1288
"16" 28 269
"17" 25 122 
"18" 142 147
"19" 792 1369
"20" 21 801
"21" 837 1004
"22" 1004 1924
"23" 515 1004
.............
"175" 356 2303
"176" 83 326

我用来绘制图的代码如下：

 library(igraph)
 gg7 <- graph.edgelist(cbind(as.character(wt$X1), as.character(wt$X2)), 
                 directed=F)
 sum(clusters(gg7)$csize>2)         
 plot(gg7)

在这里，文件名是“ wt”。

Answer 1

您可以使用绘图和布局选项（请参阅帮助页面igraph.plotting上的链接plot.igraph以及 的帮助layout）来减少重叠并提高可读性。此外，将绘图保存为 PDF 文件将允许您根据需要进行放大。以下是两个带有虚假数据的示例布局。我只调整了布局和顶点大小，但还有许多其他选项。

library(igraph)

set.seed(20)
wt2 = data.frame(X1=sample(1:100,200,replace=TRUE), X2=sample(1:100,200,replace=TRUE))
gg7 <- graph.edgelist(cbind(as.character(wt2$X1), as.character(wt2$X2)), 
                      directed=F)       

pdf("plot.pdf",10,10)
igraph.options(plot.layout=layout.circle, vertex.size=5)
plot(gg7)
dev.off()

pdf("plot2.pdf",10,10)
igraph.options(plot.layout=layout.graphopt, vertex.size=7)
plot(gg7)
dev.off()