对数据框中的重复进行分组和平均

Question

我有不同样本和技术复制的数据框（AA.1、AA.2、AA.3）。每个完整的样本集（所有样本技术重复）都有一个测量值 var3，并针对不同的 var2（X、Y 或 Z）重复。所以总的来说，我有（样本数量）（技术重复数量）（var2 数量）测量值（var1 x var2 的所有可能组合重复 3 次）。

data.frame(
  var1=rep(rep(c('AA.1', 'AA.2', 'AA.3', 'BB.1', 'BB.2', 'BB.3'), each=3), 2),
  var2=rep(c('X', 'Y'), each=18),
  var3=sample(20:40, 36, replace=TRUE)
)

对于每个 var2，我想平均每个单独样本的技术重复。我想通过创建一个新的数据框来做到这一点，该数据框将样本名称列为行名称，3 列是 3 个技术重复。然后我可以做 rowMeans() 和 sd()。这怎么可能？

Answer 1

在基础 R（调用您的数据框df）中：

aggregate(var3~var1+var2,df,mean)
#    var1 var2     var3
# 1  AA.1    X 31.66667
# 2  AA.2    X 25.00000
# 3  AA.3    X 30.66667
# 4  BB.1    X 27.33333
# 5  BB.2    X 32.00000
# 6  BB.3    X 29.66667
# 7  AA.1    Y 32.33333
# 8  AA.2    Y 24.66667
# 9  AA.3    Y 26.66667
# 10 BB.1    Y 38.00000
# 11 BB.2    Y 30.33333
# 12 BB.3    Y 25.66667