使用SED/AWK/Perl单行中的条件加入FASTA文件中的换行符

Question

我有一个看起来像这样的数据

> sq1
foofoofoobar
foofoofoo
> sq2
quxquxquxbar
quxquxquxbar
quxx
> sq3
paxpaxpax
pax

我想要做的是将它们加入一行:

> sq1 foofoofoobarfoofoofoo
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
> sq3 paxpaxpaxpax

我试过这段代码却失败了.

sed -e 'te' -e 'H;$!d;:e' -e 'x;/^$/d;s/\n//g'

什么是正确的方法呢？

Answer 1

$ awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' file 
> sq1 foofoofoobarfoofoofoo
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx
> sq3 paxpaxpaxpax