如何使用sed重命名fasta文件头

Question

我知道这很容易，但我无法让它发挥作用。我正在尝试使用 sed 重命名标头，尽管 reg experssion 有效，但我无法重命名 fasta 标头。这是一个小例子。我有一个像下面这样的多序列 fasta 文件

>Bra000001
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

现在我只想像这样在 fasta 标题的末尾添加“Brassica rapa”

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT

我这样做是为了让它工作

grep ">" in.fa | sed 's/$/ Brassica rapa/' > out.fa

但是，通过这样做，我只能更改标题，但不能更改此处的序列信息。理想情况下，我想更改标题并保持顺序不变。

Answer 1

您只能使用sed及其替换命令，检查该行是否以>字符开头，将整行分组并在末尾附加您的字符串，例如：

sed 's/^\(>.*\)$/\1 Brassica rapa/' infile

它产生：

>Bra000001 Brassica rapa
CTTATTTTCTCCTTCACCACCGTACCACAGAAAAAAACTGTGATTTTAAA
AGCCACATTTACTTCTTTTTTTGTTGGGTCTAAATGTTAAAATAACATGT
>Bra000002 Brassica rapa
TTTATGTAGTACTGGACTAATCGGGTAGGGAAACAATCTTGATTTAGCAA
TACAGTGTAATAACTAATAATCATATTCATATTCCATAAATCCAAATGTT