用igraph绘制R中的大图

Question

我试图绘制一个拥有200,000个节点和8百万个边缘的网络.我使用的代码在这里:

library(igraph)
file.choose()
xlist<-read.graph("/Users/quyao/Desktop/redstar_relation.txt", format="ncol", directed=TRUE)
xlist
png('my_png.png', width = 1600, height =900)
plot(xlist)
dev.off()

我懂了:

用这种图片很难研究拓扑.你有什么建议吗？

由于节点和边缘太多,通过参数"布局"更改布局可能没那么有用.

使用我的代码构建这张照片花了大约一个半小时,我怎么能让它更快？

非常感谢.

Answer 1

考虑使用其他软件进行可视化。我通常使用 Gephi 来绘制数量级高达 150 000 个节点的图。

然而，这实际上取决于您的机器有多少 RAM（我的有 8 GB）。还可以通过修改 Gephi 的配置文件来扩展 RAM 分配（它不会像 RStudio 那样自动分配）。