是否有一种方法可以用biopython从pubmed文章中获取完整的摘要？

Question

我目前有以下代码查询pubmed:

from Bio import Entrez
Entrez.email = "kuharrw@hiram.edu"     # Always tell NCBI who you are
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="bacteria")
record = Entrez.read(handle)
list = record["IdList"]
print len(list)
for index in range(0, len(list)):
    listId = list[index]
    handle = Entrez.esummary(db="pubmed", id=listId)
    record = Entrez.read(handle)
    print index
    print record[0]["Title"]
    print record[0]["HasAbstract"]

这段代码能够告诉我文章是否有摘要但我找不到任何关于如何实际返回摘要的文档.是否有可能使用biopython？如果不是有另一种方式？

Answer 1

是的，使用 BioPython 显然是可能的。如果您完全按照本节操作，您应该能够从 pubmed 获取摘要：http : //www.biopython.org/DIST/docs/tutorial/Tutorial.html#sec142

如果您觉得此链接没有帮助，请告诉我。我会尽快回复你。