如何将整数值传递给 python 的 subprocess.call 方法？

Question

我试图将一个整数值传入 python 的 subprocess.call 方法：

subprocess.call('samtools','view','-bq', '1','DS130.bam','>','DS130umr.bam')

'-bq' 后面的参数需要是一个整数值。但是我相信 subprocess.call 一直将其视为字符串，因此我不断收到错误“TypeError: bufsize must be an integer”。

如何让 subprocess.call 将“1”解释为整数值？

Answer 1

这与输入中的整数无关；您错误地调用了该函数。您需要将您的命令作为一个序列传递给一个列表：

subprocess.call(['samtools','view','-bq', '1','DS130.bam','>','DS130umr.bam'])

但是，这不会由外壳程序处理，因此输出重定向 ( >) 将不起作用。如果要将工具的输出定向到另一个文件，请使用shell=True并传入一个字符串：

subprocess.call('samtools view -bq 1 DS130.bam > DS130umr.bam', shell=True)

让 shell 进行处理，或使用输出重定向：

with open('DS130umr.bam', 'wb') as redirected:
    subprocess.call(['samtools','view','-bq', '1','DS130.bam'], stdout=redirected)