如何在R中调用函数时抑制绘图的创建？

Question

我在R(特定limma::plotMDS)中使用了一个函数,它生成一个绘图并返回一个有用的值.我想获得返回值而不生成绘图.是否有一种简单的方法来调用函数但是抑制它创建的图？

Answer 1

您可以像这样包装函数调用：

plotMDS.invisible <- function(...){
    ff <- tempfile()
    png(filename=ff)
    res <- plotMDS(...)
    dev.off()
    unlink(ff)
    res
}

通话示例：

x <- matrix(rnorm(1000*6,sd=0.5),1000,6)
rownames(x) <- paste("Gene",1:1000)
x[1:50,4:6] <- x[1:50,4:6] + 2
# without labels, indexes of samples are plotted.
mds <- plotMDS.invisible(x,  col=c(rep("black",3), rep("red",3)) )