use*_*216 5 cluster-analysis graph-algorithm
我有两个问题要准确.首先,我想知道是否有一种简单的方法来调整马尔可夫聚类算法,以便我可以提前指定我希望在最后有多少个聚类.如果没有,你会推荐哪种类似的算法？
其次,应如何处理马尔可夫世界的重叠集群？
mic*_*ans 14
1).没有简单的方法来调整MCL算法(注意:它的名字是'Markov cluster algorithm',没有'ing'.很多人用'做马尔可夫聚类'来表达它,这很好)输出指定数量的聚类.在我看来,99.99%的时间是一个非常理想的功能.如果我要做你想做的事情,我会在不同的粒度级别生成4或5个聚类(比如将MCL通胀参数设置为1.4,2.0,3.0,4.0和6.0,但是可能值得多做一些,根据簇大小的分布选择),然后在层次聚类中统一它们(程序'clm close'可以做到这一点).之后,可以遍历树并尝试找到所需大小的最佳聚类.这显然需要付出巨大努力.我做过类似的事情但过去并不完全相同.
2).MCL产生的重叠聚类非常罕见,并且始终是输入图中对称性的结果.大多数人使用的标准MCL实现(来自http://micans.org/mcl/)将删除重叠.我认为这不是一个问题.免责声明:我撰写了MCL.