travis-ci上的scipy ImportError

Question

我是第一次成立Travis-CI.我以我认为的标准方式安装scipy:

language: python
python:
  - "2.7"
# command to install dependencies
before_install:
  - sudo apt-get -qq update
  - sudo apt-get -qq install python-numpy python-scipy python-opencv
  - sudo apt-get -qq install libhdf5-serial-dev hdf5-tools
install:
   - "pip install numexpr"
   - "pip install cython"
   - "pip install -r requirements.txt --use-mirrors"
# command to run tests
script: nosetests

一切都在建立.但是当测试开始时,我得到了

ImportError: No module named scipy.ndimage

更新:这是一个更直接的问题演示.

$ sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-opencv
$ python -c 'import scipy'
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>

ImportError: No module named scipy

The command "python -c 'import scipy'" failed and exited with 1 during install.

我也尝试使用pip安装scipy.我先尝试安装gfortran.以下是构建失败的一个示例.有什么建议？

另一个更新:特拉维斯已经添加了与Travis一起使用conda的官方文档.请参阅ostrokach的回答.

Answer 1

我找到了解决这个难题的两种方法:

1. 正如@unutbu建议的那样,构建自己的虚拟环境并在该环境中使用pip安装所有内容.我让构建通过,但是从源代码安装scipy非常慢.

2. 按照ptraas项目在此.travis.yml文件中使用的方法以及它调用的shell脚本,强制travis使用系统范围的站点包,并使用apt-get安装numpy和scipy.这要快得多.关键是

   virtualenv:
       system_site_packages: true
   

   在组之前的travis.yml中before_install,后跟这些shell命令

   SITE_PKG_DIR=$VIRTUAL_ENV/lib/python$TRAVIS_PYTHON_VERSION/site-packages
   rm -f $VIRTUAL_ENV/lib/python$TRAVIS_PYTHON_VERSION/no-global-site-packages.txt  
   

   然后最后

   apt-get install python-numpy
   apt-get install python-scipy
   

   当nosetests尝试导入它们时会找到它.

更新

我现在更喜欢基于conda的构建,它比上述任何一种策略都要快.这是我维护的项目的一个例子.

Answer 2

官方conda文档中对此进行了介绍:使用带有Travis CI的conda.

该.travis.yml文件

下面显示了如何修改.travis.yml文件以将Miniconda用于支持Python 2.6,2.7,3.3和3.4的项目.

注意:有关Travis 基本配置的信息,请参阅Travis CI网站.

language: python
python:
  # We don't actually use the Travis Python, but this keeps it organized.
  - "2.6"
  - "2.7"
  - "3.3"
  - "3.4"
install:
  - sudo apt-get update
  # We do this conditionally because it saves us some downloading if the
  # version is the same.
  - if [[ "$TRAVIS_PYTHON_VERSION" == "2.7" ]]; then
      wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh;
    else
      wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O miniconda.sh;
    fi
  - bash miniconda.sh -b -p $HOME/miniconda
  - export PATH="$HOME/miniconda/bin:$PATH"
  - hash -r
  - conda config --set always_yes yes --set changeps1 no
  - conda update -q conda
  # Useful for debugging any issues with conda
  - conda info -a

  # Replace dep1 dep2 ... with your dependencies
  - conda create -q -n test-environment python=$TRAVIS_PYTHON_VERSION dep1 dep2 ...
  - source activate test-environment
  - python setup.py install

script:
  # Your test script goes here