从C扩展返回numpy数组

Question

为了学习新东西,我目前正在尝试重新实现C中的numpy.mean()函数.它应该采用3D数组并返回一个2D数组,其中元素的平均值沿着轴0.我设法计算所有值的均值,但不知道如何将新数组返回给Python.

我的代码到目前为止:

#include <Python.h>
#include <numpy/arrayobject.h>

// Actual magic here:
static PyObject*
myexts_std(PyObject *self, PyObject *args)
{
    PyArrayObject *input=NULL;
    int i, j, k, x, y, z, dims[2];
    double out = 0.0; 

    if (!PyArg_ParseTuple(args, "O!", &PyArray_Type, &input))
        return NULL;

    x = input->dimensions[0];
    y = input->dimensions[1];
    z = input->dimensions[2];

    for(k=0;k<z;k++){
        for(j=0;j<y;j++){
            for(i=0;i < x; i++){
                out += *(double*)(input->data + i*input->strides[0] 
+j*input->strides[1] + k*input->strides[2]);
            }
        }
    }
    out /= x*y*z;
    return Py_BuildValue("f", out);
}

// Methods table - this defines the interface to python by mapping names to
// c-functions    
static PyMethodDef myextsMethods[] = {
    {"std", myexts_std, METH_VARARGS,
        "Calculate the standard deviation pixelwise."},
    {NULL, NULL, 0, NULL}
};

PyMODINIT_FUNC initmyexts(void)
{
    (void) Py_InitModule("myexts", myextsMethods);
    import_array();
}

到目前为止我所理解的(如果我错了请纠正我)是我需要创建一个新的PyArrayObject,这将是我的输出(也许是PyArray_FromDims？).然后我需要一个地址数组到这个数组的内存并填充数据.我该怎么做？

编辑:

在做了一些关于指针的阅读之后(这里:http://pw1.netcom.com/~tjensen/ptr/pointers.htm),我实现了我的目标.现在又出现了另一个问题:我在哪里可以找到numpy.mean()的原始实现？我想知道它是怎么回事,python操作比我的版本快得多.我认为它避免了丑陋的循环.

这是我的解决方案:

static PyObject*
myexts_std(PyObject *self, PyObject *args)
{
    PyArrayObject *input=NULL, *output=NULL; // will be pointer to actual numpy array ?
    int i, j, k, x, y, z, dims[2]; // array dimensions ?
    double *out = NULL;
    if (!PyArg_ParseTuple(args, "O!", &PyArray_Type, &input))
        return NULL;

    x = input->dimensions[0];
    y = dims[0] = input->dimensions[1];
    z = dims[1] = input->dimensions[2];
    output = PyArray_FromDims(2, dims, PyArray_DOUBLE);    
    for(k=0;k<z;k++){
        for(j=0;j<y;j++){
            out = output->data + j*output->strides[0] + k*output->strides[1];
            *out = 0;
            for(i=0;i < x; i++){
                *out += *(double*)(input->data + i*input->strides[0] +j*input->strides[1] + k*input->strides[2]);
            }
            *out /= x;
        }
    }
    return PyArray_Return(output);
}

Answer 1

Numpy API 有一个函数PyArray_Mean可以完成您想要做的事情，而无需“丑陋的循环”；）。

static PyObject *func1(PyObject *self, PyObject *args) {
    PyArrayObject *X, *meanX;
    int axis;

    PyArg_ParseTuple(args, "O!i", &PyArray_Type, &X, &axis);
    meanX = (PyArrayObject *) PyArray_Mean(X, axis, NPY_DOUBLE, NULL);

    return PyArray_Return(meanX);
}