简单的awk命令问题(FS,OFS相关)

Question

我试图重新组织包含以下内容的文件格式:

>Humanl|chr16:86430087-86430726 | element 1 | positive
>Humanl|chr16:85620095-85621736 | element 2 | negative
>Humanl|chr16:80423343-80424652 | element 3 | negative
>Humanl|chr16:80372593-80373755 | element 4 | positive
>Humanl|chr16:79969907-79971297 | element 5 | negative
>Humanl|chr16:79949950-79951518 | element 6 | negative
>Humanl|chr16:79026563-79028162 | element 7 | negative
>Humanl|chr16:78933253-78934686 | element 9 | negative
>Humanl|chr16:78832182-78833595 | element 10 | negative

我的命令是:

awk '{FS="|";OFS="\t"} {print $1,$2,$3,$4,$5}'

这是输出:

>Human|chr16:86430087-86430726  |      element 1      |
>Human  chr16:85620095-85621736         element 2      negative
>Human  chr16:80423343-80424652         element 3      negative
>Human  chr16:80372593-80373755         element 4      positive
>Human  chr16:79969907-79971297         element 5      negative
>Human  chr16:79949950-79951518         element 6      negative
>Human  chr16:79026563-79028162         element 7      negative
>Human  chr16:78933253-78934686         element 9      negative
>Human  chr16:78832182-78833595         element 10     negative

除第一行外,每行都能正常工作.我不明白为什么会这样.

有人可以帮我吗？谢谢!

Answer 1

简短的回答

FS并且OFS设置太晚而不能影响第一行,请使用以下内容:

awk '{print $1,$2,$3,$4,$5}' FS='|' OFS='\t'

您也可以使用这个较短的版本:

awk -v FS='|' -v OFS='\t' '$1=$1'

更长的答案

因为AWK时已经在当时进行记录/场分裂它不工作FS和OFS设置.您可以通过设置强制重新分割$0到$0,例如:

awk '{FS="|";OFS="\t";$0=$0} {print $1,$2,$3,$4,$5}'

执行此操作的常规方法是1. set FS和BEGIN子句中的其他方法,2.通过-v VAR=VALUE符号设置它们,或者3.在脚本之后附加它们VAR=VALUE.我喜欢的风格是最后一种选择:

awk '{print $1,$2,$3,$4,$5}' FS='|' OFS='\t'

请注意,-v设置脚本和后脚本变量之间存在显着差异.-v将在BEGIN子句之前设置变量,而在子句之后设置变量的后脚本设置BEGIN.

Answer 2

尝试:

awk 'BEGIN{FS="|";OFS="\t"} {print $1,$2,$3,$4,$5}'