如何找到不完美的子串？

Question

我有一个长度相等的子串列表，我想在大字符串中找到所有这些子串的位置。然而棘手的部分是我还应该找到不匹配数量有限的子字符串（也给出了不匹配的数量）。我以为我可以用正则表达式做到这一点，但我找不到方法。UPD：我使用的是 Python 2.7。

示例：输入字符串：s = 'ATGTCGATCGATGCTAGCTATAGATAAAA'，输入子字符串为s0 = 'ATG'，允许的不匹配数为 n = 1。我想要的是返回一个可迭代的，比如说一个列表，位置：[0,7,19,23,6]，对应于“ATG”（两次），“ATA”的位置'（两次），'ATC' 相应地，因为其他不匹配的 3 聚体都不会出现在字符串中。

Answer 1

新regex模块支持模糊匹配。例如

(?:foo){s<=2} 

匹配“foo”，允许 2 次替换。

另请注意文档中的此评论：

默认情况下，模糊匹配搜索满足给定约束的第一个匹配项。ENHANCEMATCH 标志将导致它尝试改进它找到的匹配的拟合（即减少错误的数量）。

BESTMATCH 标志将使其搜索最佳匹配。

例子：

>>> regex.findall(r'(?:foo){s<=2}', 'xxfoo')
['xfo']
>>> regex.findall(r'(?:foo){s<=2}', 'xxfoo', regex.BESTMATCH)
['foo']