knitr:在循环中调用ggplot2函数时,如果伴有某些其他绘图函数则不会绘制

Question

我不确定这是不是一个真正的错误,或者我错过了什么,但在这里它.我有一个ggplot函数(plot_data),我想在循环中调用.我已将该功能包含在自己的块中.调用该函数在第一种情况(标题为"工作"的块)的循环中工作正常,在这种情况下,plot_data函数后跟一个条形图.但是,在第二种情况下,plot_data()函数后面跟着一个热图,但奇怪的是,热图会抑制plot_data函数.无论是否在plot_data函数周围调用plot()或print(),都会发生这种情况.

有没有办法让ggplots与knitr一起行动？在地狱中如何抑制前一个函数调用的输出？

以下代码为我重现了错误:

[preamble omitted]
\begin{document}

<<setup, eval=TRUE, echo=FALSE, cache=FALSE>>=
plot_data <- function(data) {
    require(ggplot2)
    require(reshape)
    d.melt <- melt(data)
    ggplot(data=d.melt, aes(x=X2, y=value, group=X1, colour=X1)) + geom_line(size=.5) +
          scale_x_discrete("") +
          scale_y_continuous("Value")
    }
@

<<works, echo=FALSE, results='asis', out.width='.3\\linewidth', dev='pdf', cache=TRUE >>=
set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:10) {
    ind <- sample(1:100, 10)
    plot(plot_data(data[ind,]))
    barplot(ind)
}
@

<<doesnt-work, echo=FALSE, results='asis', out.width='.3\\linewidth', dev='pdf', cache=TRUE >>=
set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:10) {
    ind <- sample(1:100, 10)
    plot(plot_data(data[ind,]))  # calling print instead of plot doesn't work either
    heatmap(data[ind,]  )
}
@

\end{document}

Answer 1

我认为你问了很多knitr。在 R 中对齐基础图形和网格图形并不是很容易且具有挑战性。我不知道如何knitr使用（包 Latex graphics），但我认为当你调用 时heatmap，它会打印在网格的同一位置阴谋。

plot.new在调用基本图形之前添加一个对我来说效果很好：

<<doesnt-work, fig.show='hold',out.width='.3\\linewidth'>>=
  set.seed(10010)
data <- matrix(runif(10000, 1,100), ncol=100)
for (i in 1:3) {
  ind <- sample(1:100, 10)
  print(plot_data(data[ind,]))  # calling print instead of plot doesn't work either
  plot.new()
  heatmap(data[ind,]  )
 }
@