使用mkl编译r(支持mulithreads)

Question

我通过关于这些指南编译了R:

http://www.r-bloggers.com/compiling-64-bit-r-2-10-1-with-mkl-in-linux/

http://cran.r-project.org/doc/manuals/R-admin.html#MKL

但是对于矩阵代数,R不使用所有可用的CPU.

我试过两个:

MKL="-L${MKL_LIB_PATH} -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread \
      -lmkl_core -fopenmp -lpthread"

和

MKL="   -L${MKL_LIB_PATH}                               \
-Wl,--start-group                               \
            ${MKL_LIB_PATH}/libmkl_gf_lp64.a        \
            ${MKL_LIB_PATH}/libmkl_gnu_thread.a     \
            ${MKL_LIB_PATH}/libmkl_core.a           \
 -Wl,--end-group                                 \
 -lgomp -lpthread"

选项.

如何强制R使用所有可用的CPU？

如何检查R是否使用MKL？

Answer 1

我想添加我的程序来编译带有MKL库的R 3.0.1.我在核心i7 intel处理器,8G RAM上使用Debian 7.0.首先我用这个命令设置MKL相关的环境变量(MKLROOT和LD_LIBRARY_PATH)之后安装了MKL库:

>source /opt/intel/mkl/bin/mklvars.sh intel64

所以我使用以下参数来./configure:

>./configure --enable-R-shlib --enable-threads=posix --with-lapack --with-blas="-fopenmp -m64 -I$MKLROOT/include -L$MKLROOT/lib/intel64 -lmkl_gf_lp64 -lmkl_gnu_thread -lmkl_core -lpthread -lm"

并使用make和make install完成安装.

作为基准,我做了两个5000 x 5000矩阵产品之间没有MKL的产品,得到了:

用户系统已过去57.455 0.104 29.033

并在编译后:

用户系统已用完15.993 0.176 4.333

一个真正的收获!

Answer 2

所有这一切现在都容易多了——这里有一篇简短的博客文章详细讨论了下面的步骤。

但简而言之，您只需要这样：

## get archive key
cd /tmp
wget https://apt.repos.intel.com/intel-gpg-keys/GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS-2019.PUB
apt-key add GPG-PUB-KEY-INTEL-SW-PRODUCTS-2019.PUB

## add MKL to apt's repo list
sh -c 'echo deb https://apt.repos.intel.com/mkl all main > /etc/apt/sources.list.d/intel-mkl.list'

## update and install (500+ mb download, 1.9gb installed)    
apt-get update
apt-get install intel-mkl-64bit-2018.2-046 

## make it system default via update alternatives
update-alternatives --install /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so     libblas.so-x86_64-linux-gnu      /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so 50
update-alternatives --install /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libblas.so.3   libblas.so.3-x86_64-linux-gnu    /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so 50
update-alternatives --install /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so   liblapack.so-x86_64-linux-gnu    /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so 50
update-alternatives --install /usr/lib/x86_64-linux-gnu/liblapack.so.3 liblapack.so.3-x86_64-linux-gnu  /opt/intel/mkl/lib/intel64/libmkl_rt.so 50

## tell ldconfig
echo "/opt/intel/lib/intel64"     >  /etc/ld.so.conf.d/mkl.conf
echo "/opt/intel/mkl/lib/intel64" >> /etc/ld.so.conf.d/mkl.conf
ldconfig

就是这样。没有其他的。不重新编译或链接。例如 R 现在显示在sessionInfo()：

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /opt/intel/compilers_and_libraries_2018.2.199/linux/mkl/lib/intel64_lin/libmkl_rt.so

Answer 3

完整的教程可以在这里找到：

https://software.intel.com/en-us/articles/build-r-301-with-intel-c-compiler-and-intel-mkl-on-linux

或者简单地使用：

http://mran.revolutionanalytics.com/download/