没有管理员权限安装rpy2

Question

我在安装Python软件包rpy2时遇到问题.我已经将R编译为共享库,但我没有管理员权限,因此我尝试使用以下命令安装rpy:

pip install -user rpy2

但是,我收到以下错误:

./rpy/rinterface/_rinterface.c:86:31:致命错误:readline/readline.h:没有这样的文件或目录

编译终止.

错误:命令'gcc'失败,退出状态为1

我已下载readline到:

/some/path/readline-6.2/

在哪里我可以看到readline.h(我也编译readline以防万一)

我的问题:

如何避免头编译错误rpy2(或点)知道这个位置readline.h？

Answer 1

您需要实际安装 readline，而不仅仅是下载它，然后使用和指向rpy2它。CFLAGSLDFLAGS

尝试这种方法。它几乎对我有用 - 我有同样的问题，除了 rpy2 似乎链接到系统 R 而不是我的 homedir 安装的额外问题。

首先，我将 readline 下载到~/src/readline-6.2，并使用 进行安装./configure --prefix=$HOME && make && make install。（您需要将其安装在某个地方，而不仅仅是下载源代码。）

然后我重新编译了R

CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME --enable-BLAS-shlib --enable-R-shlib
make
make install

R 现在肯定正在使用该 readline：

$ ldd ~/lib64/R/lib/libR.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007f8104207000)

我在家里安装的 Python（3.2.3，因为 h5py 还不能与 3.3 一起使用）也是如此：

CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME
make
make install

然后再次：

$ ldd ~/lib/python3.2/lib-dynload/readline.cpython-32m.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007fbfff5c2000)

然后我下载了 rpy2 源并构建了它：

CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
python3 setup.py build --r-home $HOME/lib64/R install

这似乎很成功，并且ldd将.sossite-packages/rpy2链接到右侧libreadline......但到系统R，而不是我的，尽管明确的--r-home.