R中cor和cor.test有什么区别

Question

我有一个数据框,其列是实验的不同样本.我想找到这些样本之间的相关性.因此,样本v2和v3之间,样本v2和v4之间的相关性,......这是数据框:

> head(t1)
      V2          V3          V4         V5         V6
1 0.12725011 0.051021886 0.106049328 0.09378767 0.17799444
2 0.86096784 1.263327211 3.073650624 0.75607466 0.92244361
3 0.45791031 0.520207274 1.526476608 0.67499102 0.49817761
4 0.00000000 0.001139721 0.003158557 0.00000000 0.00000000
5 0.13383965 0.098943019 0.099922146 0.13871867 0.09750611
6 0.01016334 0.010187671 0.025410170 0.00000000 0.02369374
> nrow(t1)
[1] 23367

如果我为这个数据帧运行cor函数以获得样本(列)之间的相关性,我得到所有样本的NA:

> cor(t1, method= "spearman")
V2 V3 V4 V5 V6
V2  1 NA NA NA NA
V3 NA  1 NA NA NA
V4 NA NA  1 NA NA
V5 NA NA NA  1 NA
V6 NA NA NA NA  1

但如果我运行这个:

> cor.test(t1[,1],t1[,2], method="spearman")$estimate
rho 
0.92394 

那不一样.为什么会这样？获得这些样本之间相关性的正确方法是什么？先感谢您.

Answer 1

您的数据包含NA值.

来自?cor:

如果使用"一切",则NA将在概念上传播,即,只要其贡献的观察值之一为NA,结果值将为NA.

从 ?cor.test

na.action一个函数,指示当数据包含NA时应该发生什么.默认为getOption("na.action").

在我的系统上:

getOption("na.action")
[1] "na.omit"

使用which(!is.finite(t1))搜索有问题的价值观和which(is.na(t1))搜索NA值.如果您的数据中包含值,则cor返回.NaNInf