Python-通过Shell脚本激活conda env

Question

我希望运行一个简单的Shell脚本来简化某些conda环境的管理。conda activate在linuxos中通过os 激活conda环境在shell中工作正常，但在shell脚本中却存在问题。有人能为我指出正确的方向的原因吗？

重复该问题的示例：

# default conda env
$ conda info|egrep "conda version|active environment"
     active environment : base
          conda version : 4.6.9

# activate new env to prove that it works
$ conda activate scratch
$ conda info|egrep "conda version|active environment"
     active environment : scratch
          conda version : 4.6.9

# revert back to my original conda env
$ conda activate base 

$ cat shell_script.sh
#!/bin/bash
conda activate scratch

# run shell script - this will produce an error even though it succeeded above
$ ./shell_script.sh

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and options.

IMPORTANT: You may need to close and restart your shell after running 'conda init'.

Answer 1

为快速解决方案bash：在前面加上下面的init脚本到您的bash脚本。

eval "$(command conda 'shell.bash' 'hook' 2> /dev/null)"

完毕。

对于其他 shell，请检查您的 shell 的 init conf，将以下内容复制到 shell conf 中并将其添加到您的脚本中。

# >>> conda initialize >>>
...
# <<< conda initialize <<<

你也可以使用

conda init --all --dry-run --verbose

获取脚本中所需的初始化脚本。

解释

这是通过引进相关conda init的conda4.6。

引用 conda 4.6 发布日志

Conda 4.4 允许“conda activate envname”。问题是设置 shell 以使用这个新功能并不总是那么简单。Conda 4.6 添加了广泛的初始化支持，以便比以往更多的 shell 可以使用新的“conda activate”命令。有关更多信息，请阅读“conda init –help”的输出

conda init在conda4.6中引入之后，conda 仅将命令公开 conda到PATH“base”中的所有二进制文件中，而不是所有二进制文件中。环境开关由统一conda activate env-name并conda deactivate在所有平台上。

但是要使这些新命令起作用，您必须使用conda init.

问题是你的脚本文件是在一个子 shell 中运行的，并且conda没有在这个子 shell 中初始化。

参考

• 康达 4.6 发布
• Unix shell 初始化
• Shell 启动脚本

Answer 2

在 shell 脚本中使用conda activate或source activate并不总是有效，并且可能会抛出这样的错误。一个简单的解决方法是将它放在脚本中的source ~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh任何conda activate命令之上：

source ~/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh # Or path to where your conda is
conda activate some-conda-environment

这是对我有用的解决方案，如果共享脚本也适用。这也解决了必须使用的问题，conda init因为在我使用过的某些集群上，系统已初始化，但conda activate仍无法在 shell 脚本中工作。

Answer 3

如果你想使用shell脚本来运行另一个conda环境中的另一个python文件，只需通过以下命令运行另一个文件即可。

os.system('conda run -n <env_name> python <path_to_other_script>')

Answer 4

来自Github的这个答案对我有用（我使用的是 Ubuntu，所以它不仅仅适用于 Windows）：

eval "$(conda shell.bash hook)"
conda activate my_env

Answer 5

该错误消息很有帮助-告诉您在运行脚本的子外壳中未正确设置conda。要在脚本中使用conda，您将需要（如错误消息所述）运行conda init bash（或您的外壳是什么）首先。conda的行为及其设置方式取决于您的conda版本，但4.4+版本行为的原因conda是取决于通常由conda shell本身设置的某些环境变量。最重要的是，此变更日志条目解释了为什么您的conda activate和deactivate命令在4.4及更高版本中不再表现出预期的行为。

有关此问题的更多讨论，请参见GitHub上的官方conda问题。

编辑：更多研究告诉我，conda init错误消息中提到的功能实际上是v4.6.0的新功能，该功能允许快速设置环境，以便您可以使用它conda activate来代替旧的source activate。但是，这样做的原因是它添加/更改了当前shell的几个环境变量，并且还更改了RC文件（例如.bashrc：），并且RC文件的更改从未在当前shell中被获取-仅在新创建的外壳中贝壳。（除非您当然再次提供.bashrc）。实际上，conda init --help这么说：

重要信息：运行后conda init，大多数外壳都需要关闭并重新启动才能使更改生效

但是，你显然已经运行conda init，因为你是能够使用conda activate交互。实际上，如果打开.bashrc，则应该可以看到conda教您的shell在哪里寻找conda命令，从而增加了几行内容。但是，脚本的问题在于，.bashrc 不是由运行shell脚本的子shell所提供的（有关更多信息，请参见此答案）。这意味着，即使您的非登录交互式shell看到了conda命令，您的非交互式脚本子shell也不会-不管您调用了多少次conda init。

这就导致了一个猜想（我自己在Linux上没有conda，所以我无法对其进行测试），可以通过这样运行脚本来实现：

bash -i shell_script.sh

您应该可以conda activate正常工作。为什么？-i是一个bash标志，告诉外壳程序您将开始以交互方式运行，这意味着它将自动获取您的.bashrc。这应该足以使您能够像正常使用一样在脚本中使用conda。

Answer 6

我使用“源命令”运行shell脚本，它可以正常工作：

source shell_script.sh