当我终于收到 NGS 测序数据时,我用 Ubuntu 分析了几天。然而,我缺乏 shell 编码的基础知识,我对这种全新的语言感到不知所措。
我设法遵循管道,但仍然存在初学者问题。
具体来说,我有一个包含 96 个文件的文件夹,我想重命名它们。它们通常具有以下形式:
AD18_S1_R2_cat_trimmed.fastq.gz
AD19_S26_R2_cat_trimmed.fastq.gz
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
基本上,我试图删除示例 ID,例如_S1和_S26。我最近发现了星号,并成功地将它们用于以前的函数。但我在想象如何在这里使用它们时遇到了问题。_S我认为有效的方法是提取和之间的表达式并将_R其删除,同时保留R.
如果样本 ID 始终具有相同的长度,我会用来[5-7]从名称中删除字符。但它不适用于某些样本。
我想了解如何做到这一点,而不是得到答案。因此,您能解释一下如何进行此更改吗?如果您同意共享解决方案,您的代码意味着什么?