在 Ubuntu 中安装 R 包的首选方法是什么？

Question

我正在 ubuntu 中安装 R，但我对安装软件包的许多选项感到有些困惑。

传统的方法是在 R 中安装它们，执行install.package(). 然而，Ubuntu 提供了使用apt-get. 这很有趣，因为操作系统会保持软件包更新。由于他们只有几个可用的软件包，因此迟早会产生问题。我最终会通过传统方式安装软件包，以不同的方式安装它们，也许（？）这也会产生版本问题。

在 Ubuntu 中安装和保留 R 包的首选方法是什么？

Answer 1

我认为通过 Ubuntu 存储库可用的唯一 R 包是由 R 开发核心团队维护的包。与大多数软件包一样，通过apt或突触可用的软件包并不总是最新版本。幸运的是，您可以选择通过创建一个/etc/apt/sources.list.d/CRAN.list包含单行文本的新文件来添加 CRAN 维护的软件源：

deb http://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu trusty/

（替换trusty/为您的发行版的代号；如果您不知道，请输入lsb_release -c终端）。在那之后（和apt update），您的包管理器将始终安装（或更新到）CRAN 维护的r-base、r-base-core、 等版本，因为它们的版本号将高于 debian 源中的版本号。如果抱怨回购未签名，请参见此处apt。

对于所有其他包（也称为“贡献包”），我更喜欢install.packages(c("name_of_package", "name_of_other_package"))尽可能通过 R 安装，除非我知道 CRAN 上的版本很旧并且较新的版本具有我需要的功能。在这种情况下，您可以从 GitHub 安装devtools::install_github('AccountName/RepositoryName')或下载存档并从终端窗口通过 安装它R CMD INSTALL name_of_package.tar.gz，或在 R 中通过 安装install.packages("/path/to/downloaded/package.tar.gz", repos=NULL, type="source")。

为了完整起见，这里是CRAN 的官方指南。

Answer 2

我通常会apt-get r-cran尽可能安装 using ，因为这会以更干净的方式处理依赖项和更新。仅当它不可用时，我才会使用 R 中的安装。

请注意，R Debian 软件包有两个存储库：

1. 官方R：提供了几个包。要包含它，您需要添加指向更新 source.list 文件的存储库的链接。这在CRAN-ubuntu页面上有记录，然后运行apt-get update，然后升级

2. PPA：Michael rutter 提供了一个ppa，cran2deb4ubuntu，其中包含更多软件包。有关一些文档，请参阅本博客的末尾。您只需要运行（然后在更新/升级之后）：

    sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u