小编fus*_*ope的帖子

我有一个如下所示的矩阵：

输入：

A   B   C   D   E   F   G   H   I 
0   0   0   0   1   0   0   0   1
0   0   0   1   0   0   0   0   0  
0   0   0   1   0   0   0   0   0  
1   0   0   0   0   0   0   0   0  
1   0   1   0   0   0   1   0   0  
1   0   0   1   0   0   0   1   0  
1   0   0   0   1   1   1   0   0  

我想为每一行提取与值 1 对应的字母列表。

输出： …

我有一个看起来像这样的文件：

Id       Chr     Start   End  
Prom_1   chr1    3978952 3978953  
Prom_1   chr1    3979165 3979166  
Prom_1   chr1    3979192 3979193  
Prom_2   chr1    4379047 4379048  
Prom_2   chr1    4379091 4379092  
Prom_2   chr1    4379345 4379346  
Prom_2   chr1    4379621 4379622  
Prom_3   chr1    5184469 5184470  
Prom_3   chr1    5184495 5184496  

我想提取的是这样的开始和结束Id：

Id       Chr     Start   End  
Prom_1   chr1    3978952 3979193  
Prom_2   chr1    4379047 4379622  
Prom_3   chr1    5184469 5184496

正如您所注意到的Id，开始和结束之间的重复次数并不是恒定的。任何想法将不胜感激。

在我的工作流程中，我创建了这个文件：

AAGGAGGGAGCTGCATGGAACCTGTGGATATATACACACAAGGTTAACCTCTGTCCTGTAAA  8  
GGAGTTCAGATGTGTGCTCTTCCGATCTGGAGGTCTCTGCTGGGGCCACCCTGTCCTCTCAG  30     
GAGAGAGGAAAGGAAGCGATTGCAGAACTTTCCACAAGGCTTTAGATTCCCCTGTCACAGAG  15  
GGAGGAGAAAGAATCAACTTTATAGCATCAGCCCCTTGTTTATTTTAAGTTCAGGGTTTAAG  13  
GGGAGAACATTTCCCTCCTTGTCCTCTCCTATCTCACTTACTACATTCCCACTGGTCACTGT  7  
GGGACATTTGTGATTACATGGTTGCAGTATTCTTTTTGTTCTTAGTCAGACTGTATAATTGG  4  

我想从第一列的每个文本中选择第二列数量中存在的第一个字母数。如第一行的前 8 个字符，第二行的前 30 个字符等。

像第一个例子一样，输出将是这样的：

AAGGAGGG  
GGAGTTCAGATGTGTGCTCTTCCGATCTGG

任何想法将不胜感激。

我有一个单词列表。例如：

a=(ENCFF002CDP ENCFF002COQ ENCFF002DAJ ENCFF002DCM)  

我想运行它们的所有可能组合并使用一个工具，例如：

bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002COQ > ENCFF002CDP.ENCFF002COQ.intersected  
bedtools intersect -a ENCFF002CDP -b ENCFF002DAJ > ENCFF002CDP.ENCFF002DAJ.intersected  

等所有可能的组合。

我怎样才能做到这一点？

我有两个以两个不同扩展名结尾的文件列表，我想将它们成对地串联起来。文件名如下所示：

这些是文件

a.ID, b.ID, c.ID, d.ID     
a.value, b.value, c.value, d.value  

直觉上我会这样做：

for i in *.ID;  
do  
     for j in *.value;  
do  
     cat $i $j > $i.txt ; done  
done  

问题是，我想合并a.ID使用a.value，并b.ID与b.value并以这种方式，他们被随机合并。就像a.value用b.ID等。

任何的想法？提前致谢

样本输入a.ID（例如）：

chr1_237301_237601  176 1  
chr1_237601_237901  176 1  
chr1_237901_238201  176 1 

以a.value（例如）结尾的示例：

chr1_1_301      0   0  
chr1_301_601    0   0  
chr1_601_901    0   0  
chr1_901_1201   0   0  
chr1_1201_1501  0   0  

输出：

chr1_237301_237601  176 1    
chr1_237601_237901  176 1 …