我有一个文件,看起来像:
1 rs6687776 1020428 T C T C T C C C T C C C T C
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
第 4 和第 5 列是该位点的两个不同的可能等位基因。我需要更改第 6 列以显示0
是否有T
等位基因以及1
是否有C
等位基因。我的文件是 20805 x 459。所以应该看起来像:
1 rs6687776 1020428 T C 0 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 1
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我试过了:
cat file | while read line
do if [ [,6-] = [,4] ]
then
echo "0"
echo "1"
fi
done
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
不过,我刚刚结束了与交替的一个文件0 …