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将基因型转换为 0/1

我有一个文件,看起来像:

1    rs6687776    1020428    T    C    T    C    T    C    C    C    T    C    C    C    T    C
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第 4 和第 5 列是该点的两个不同的可能等位基因。我需要更改第 6 列以显示0是否有T等位基因以及1是否有C等位基因。我的文件是 20805 x 459。所以应该看起来像:

1   rs6687776   1020428 T   C   0   1   0   1   1   1   0   1   1   1   0   1
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我试过了:

cat file | while read line
do if [ [,6-] = [,4] ]
then
    echo "0"
    echo "1"
fi
done
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不过,我刚刚结束了与交替的一个文件0 …

awk text-processing replace

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