我有一个如下所示的 bash 脚本:
##script
#!/bin/bash
rm data*
rm logfile*
for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
done
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我想在第一个循环之后创建另一个 for 循环以继续另一个 30。例如
##script
#!/bin/bash
rm data*
rm logfile*
for i in {1..30}
do
## append a & if you want to run it parallel;
nohup Rscript --vanilla main.R 10 100 $i &> logfile"$i" &
for i in {31..60}
do
## append a …
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) 我正在寻找一些简单的答案来理解其中的一些概念。我正在尝试安装一个因错误而失败的 R 库:
/lib64/libstdc++.so.6: version ``GLIBCXX_3.4.20'' not found
我用谷歌搜索了这个信息。我运行了命令(注意文件夹名称)
[affans@hpc ~]$ strings /usr/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX
GLIBCXX_3.4
GLIBCXX_3.4.1
GLIBCXX_3.4.2
GLIBCXX_3.4.3
GLIBCXX_3.4.4
GLIBCXX_3.4.5
GLIBCXX_3.4.6
GLIBCXX_3.4.7
GLIBCXX_3.4.8
GLIBCXX_3.4.9
GLIBCXX_3.4.10
GLIBCXX_3.4.11
GLIBCXX_3.4.12
GLIBCXX_3.4.13
GLIBCXX_3.4.14
GLIBCXX_3.4.15
GLIBCXX_3.4.16
GLIBCXX_3.4.17
GLIBCXX_3.4.18
GLIBCXX_3.4.19
GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
当然 GLIBCXX_3.4.20 不存在。现在,我的前两个问题:
1) 什么是 libstdc++.so.6?这只是一个 gcc 附带的库吗?
2)有什么不同GLIBCXX_*
?这些也是图书馆吗?
我接下来运行命令(再次注意文件夹结构!)
[affans@hpc ~]$ strings /usr/local/lib64/libstdc++.so.6 | grep GLIBCXX
GLIBCXX_3.4
GLIBCXX_3.4.1
GLIBCXX_3.4.2
GLIBCXX_3.4.3
GLIBCXX_3.4.4
GLIBCXX_3.4.5
GLIBCXX_3.4.6
GLIBCXX_3.4.7
GLIBCXX_3.4.8
GLIBCXX_3.4.9
GLIBCXX_3.4.10
GLIBCXX_3.4.11
GLIBCXX_3.4.12
GLIBCXX_3.4.13
GLIBCXX_3.4.14
GLIBCXX_3.4.15
GLIBCXX_3.4.16
GLIBCXX_3.4.17
GLIBCXX_3.4.18
GLIBCXX_3.4.19
GLIBCXX_3.4.20
GLIBCXX_DEBUG_MESSAGE_LENGTH
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
有趣……我现在看到 GLIBCXX_3.4.20 …
我有一个包含 9 列的大文件,以制表符分隔。这个文件大约有 39MB,大约有 250,000 行。最后一列,第 9 列,有这样的信息(请注意,这都是一列 - 其中的空格并不表示新列,而只是该列中的“数据”)
TF_binding_site_cage_181208 ZNFN1A2-91741 ;ALIAS ZNFN1A2 ;L3_ID L3_chrX_+_149850517
TF_binding_site_cage_181208 ZNFN1A2-92447 ;ALIAS ZNFN1A2 ;L3_ID L3_chrX_-_153016326
TF_binding_site_cage_181208 ZNFN1A2-92446 ;ALIAS ZNFN1A2 ;L3_ID L3_chrX_-_153016326
TF_binding_site_cage_181208 ZNFN1A2-92445 ;ALIAS ZNFN1A2 ;L3_ID L3_chrX_-_153016326
TF_binding_site_cage_181208 SNAI1-3-177789 ;ALIAS SNAI1,SNAI2,SNAI3 ;L3_ID L3_chr1_+_52294530
TF_binding_site_cage_181208 SNAI1-3-178434 ;ALIAS SNAI1,SNAI2,SNAI3 ;L3_ID L3_chr1_-_52294717
TF_binding_site_cage_181208 SNAI1-3-178161 ;ALIAS SNAI1,SNAI2,SNAI3 ;L3_ID L3_chr1_-_52604408
TF_binding_site_cage_181208 SNAI1-3-177489 ;ALIAS SNAI1,SNAI2,SNAI3 ;L3_ID L3_chr1_-_52936367
TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,C,D-173519 ;ALIAS MEF2A,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr8_+_144711658
TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,C,D-173496 ;ALIAS MEF2A,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr8_-_145085726
TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,C,D-172831 ;ALIAS MEF2A,MEF2C,MEF2D ;L3_ID L3_chr8_+_145136211
TF_binding_site_cage_181208 MEF2A,C,D-173254 ;ALIAS MEF2A,MEF2C,MEF2D …
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) 我正在尝试运行 Rstudio下载页面链接。在我的 Windows 机器上,我只是从zip/tarballs
部分下载了 zip 文件,并且能够运行 .exe 而无需在我的机器上安装任何东西。
我想在我的开发大学机器上以有限的权限执行此操作。所以我想我可以下载 tarball,解压缩它并运行二进制文件,但我不知道该怎么做。我尝试的任何方法都不起作用。
1)有没有办法直接下载tarball并通过执行二进制文件让Rstudio工作?
2)如果没有,有没有办法安装它而不挑剔或需要sudo访问?
我还应该指出,我的开发机器有 CentOS。(下载页面并没有真正谈论它)以下是一些信息:
cat /etc/*-release
CentOS release 6.6 (Final)
LSB_VERSION=base-4.0-amd64:base-4.0-noarch:core-4.0-amd64:core-4.0-noarch:graphics-4.0-amd64:graphics-4.0-noarch:printing-4.0-amd64:printing-4.0-noarch
CentOS release 6.6 (Final)
CentOS release 6.6 (Final)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我试过使用 Ubuntu 和 Fedora tarball,但没有成功。
我应该提到“直接运行”我的意思是,使用 X11 将 GUI 转发给我。我还应该提到他们提供了 Rstudio Server 包,它允许我在我的网络浏览器中运行 Rstudio。这将是理想的情况,但如果没有系统管理员,我无法亲自安装它。如果这确实是最好的解决方案,我会问我的主管,因为他拥有服务器。
编辑:我注意到它说 Redhat 7+。这是否与我拥有 CentOS6.6 的事实有关?