小编Kha*_*i95的帖子

我有一个 .vcf.gz 文件，具有以下方面：

#CHROM  POS     ID      REF     ALT          
chr1    10894   chr1:10894:G:A  G       A         
chr1    10915   chr1:10915:G:A  G       A          
chr1    10930   chr1:10930:G:A  G       A 

我想修改 CHROM 列以删除“chr”并将其替换为任何内容，因此我希望得到如下结果：

#CHROM  POS     ID      REF     ALT          
1    10894   chr1:10894:G:A  G       A         
1    10915   chr1:10915:G:A  G       A          
1    10930   chr1:10930:G:A  G       A 

因此，我编写了以下命令行：

zcat input.vcf.gz | sed 's/^chr//' > output.vcf.gz

它起作用了。问题是我想将输出文件保存为压缩文件，扩展名为 vcf.gz。即使我写了“output.vcf.gz”，输出文件也不会被压缩。

如何修改压缩文件然后再次将其另存为压缩文件？

非常感谢！