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匹配 4 列并替换 2 个文件中的 1 个

我有 2 个文件,文件 1 的第 1 列必须替换为文件 2 的第 2 列,在文件 1 的第 2、3、4-5 或 5-4(交叉匹配)列与第 1、4、5 列匹配之后文件 2 的 -6 或 6-5。

文件 1

SNP     Chr     Pos     EA      NEA     EAF     Beta    SE      Pvalue  Neff
1:79137     1       79137       A       T       0.25    -0.026  0.0073  4.0e-04 231420
1:79033      1       79033        A       G       0.0047  -0.038  0.056   4.9e-01 225429
1:118630     1       118630       C       T       0.99    -0.033  0.055   5.5e-01 226311
1:533179     1       533179       A       G       1       -0.098  0.19    6.1e-01 185906
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1       1:79033_A_G     0 …
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awk text-processing

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如何从每一列中提取一个值

我有一个包含多行的文件,如下所示。我只想提取第 2、3、5、6 列;但是第三列没有“chr”前缀:

输入:

585     ENST00000417324 chr1    -       34553   36081   36081   36081   3  
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输出:

ENST00000417324 1 34553 36081
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我会使用 awk,因为任务非常简单,但我不知道如何去掉 'chr' 前缀。

谢谢!

awk text-processing

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