小编Ami*_*mit的帖子

我正在运行 RHEL 的集群上工作，并使用以下命令提交作业。

sbatch MyScript.sh

MyScript.sh的内容如下。

sbatch MyScript.sh

问题出在线路上cp -r ../Transfer/${d%?}/ENMIN/ ./，线路无法正常工作。脚本不会超出这条线。它复制一个文件，仅此而已..它停止做任何有成效的事情。它将“更改的目录”打印到日志中，而不打印任何其他内容。

两个奇怪的事情：（1）“cp”（vi 内）的颜色与其他命令不同，（2）当我检查 squeue 时，作业似乎正在运行，但实际上没有发生任何事情（就好像它处于循环中一样）。

相关目录结构如下（树的输出）。

#!/bin/sh

# ....
# Other SBATCH related commands are here
# ....

## Script begins here

for d in lambda.*/
do

  cd ${d%?}
  echo "Changed Directory"
  cp -r ../Transfer/${d%?}/ENMIN/  ./
  echo "Transferred"
  rm -rf ../Transfer/${d%?}
  echo "Removed"
  cd ENMIN
  time mpirun -np $SLURM_NTASKS gmx_mpi mdrun -v -stepout 1000 -s enmin.tpr -deffnm enmin

  echo "Energy minimization done of $d cycle"
  echo "Copying …