我正在组合ls,xargs并bash -c在多个输入文件上运行特定程序（其名称与模式匹配barcode0[1-4].fastq。
我调用的程序xargs称为krocus，下面是我用来使用单个占位符调用该程序的代码（对于多个输入文件）：
ls barcode0[1-4].fastq |cut -d '.' -f 1|xargs -I {} bash -c "krocus --verbose --output_file out_krocus/{}_Ecoli1.txt /nexusb/Gridion/MLST_krocus_DBs/e_coli1 {}.fastq
在上面的代码中，我的占位符是我想在 ie 上调用 krocus 的文件barcode0[1-4].fastq。我现在想添加第二个占位符，它将传递给--kmerkrocus 的参数。对于这个参数，我想传递数字seq 12 14，即 12、13 和 14。在本例中，我想创建总共 12 个文件（这意味着我想组合四个--kmer输入文件的三个值）
下面是我想象的带有参数占位符的代码的样子kmer：
ls barcode0[1-4].fastq |cut -d '.' -f 1|xargs -I {} bash -c "krocus --verbose --output_file out_krocus/{placeholderForInputFile}_{placeholderForKmerSize}Ecoli1.txt /nexusb/Gridion/MLST_krocus_DBs/e_coli1 --kmer {placeholderForKmerSize} {placeholderForInputFile}.fastq
问题是我需要通过管道传输两个命令的输出，即ls barcode0[1-4].fastq和seq …
在我正在处理的目录中，我有两个扩展名为 的文件.sam：
PD180425_aligned_minimap.sam
PD180793_aligned_minimap.sam
对于这两个文件中的每一个，我都需要应用如下所示的命令：
samtools view -Sb pattern.sam > pattern.bam
我正在尝试使用xargs它。我想要做的是在之前捕获前缀_aligned_minimap并使用它来保存到我的输出。我尝试的是以下内容：
ls *.sam | cut -d "_" -f 1 | xargs -i samtools view -Sb {}_aligned_minimap.sam > {}_aligned_minimap.bam
我希望必须生成 iePD180425_aligned_minimap.bam和PD180793_aligned_minimap.bam. 尽管我的命令正在运行，但我在我正在处理的目录中看到该文件{}_aligned_minimap.bam已生成，这表明我尝试使用 xargs ( PD180425and PD180793)捕获的输入不起作用。
我该怎么做呢？