我有两个文件genelist.txt
和data.txt
. genelist.txt
仅包含约 500 个基因名称的单列,而data.txt
包含约 1000 列(样本)和约 30,000 行(基因名称)的制表符分隔文件。的一般方案data.txt
概述如下。
Sample 1 Sample 2 Sample 3 Sample 4
Gene A 1.04 1.81 1.92 0.45
Gene B 1.11 1.12 1.32 0.92
Gene C 0.72 0.71 0.85 1.12
Gene D 1.19 1.42 0.13 0.32
我需要从data.txt
包含约 500 个基因名称中的每一个中提取每一行(整行,即所有样本),genelist.txt
并将这些行提取到一个单独的文件中。有人告诉我使用 grep 或 awk 并研究了如何做到这一点,但是作为一个简单的生物学家,几乎没有/没有编码经验,我遇到了一些麻烦。是否有人可以解释这是如何完成的,并希望为我提供一些代码以开始工作。
如果提取仅返回与genelist.txt
. 举例来说,如果我有ABC123但不ABC1234中genelist.txt
,我想只有ABC123被提取,而不是ABC1234。
此外,完成此操作后,我将如何检查我的哪些基因genelist.txt
未包含在提取中?(即某些基因可能命名不正确,因此我必须返回并使用其替代和/或正确名称重新提取它们)。