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我最近购买了一台装有 Ubuntu 18.04 的机器。我简单地安装了 R：

sudo apt-get install r-base

当我$ R在控制台中调用时，它以：

R version 3.4.4 (2018-03-15) -- "Someone to Lean On"
Copyright (C) 2018 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
...

我想安装 R 3.6，主要是因为我需要BiocManager通过BiocManager. 我已经按照这里的步骤操作，所以现在我的/etc/apt/sources.list/样子（只是相关的底部）：

deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security main restricted
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security universe
deb http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
# deb-src http://security.ubuntu.com/ubuntu bionic-security multiverse
deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/
# …

这是一个有点重复的问题（请参阅如何为我的目录中安装的 R 设置 PATH）但我确实遇到了新版本 R 的一些新问题。

我试图在我自己的目录中安装新版本的 R (R 3.3.1)。我按照我之前的安装流程

但是我遇到了一个我以前没有遇到过的问题。

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

好像zlib版本太低了，所以我安装了当前版本的zlib

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

然后我尝试再次为 R 进行配置，例如：

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"

我仍然有同样的错误：

checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are …

我读过红色表示“内核进程”。这是否意味着小守护进程正在调节哪个任务可以使用 CPU？推而广之，超额认购系统中的交易成本？

我正在运行一些大规模的地理处理作业，并且我有两个同时并行运行的脚本。

第一个脚本在所有 96 个内核上进行实际处理。它负责几乎所有的内存使用。

第二个脚本用于curl下载数据以提供给第一个进程，并且它是并行执行的。我写它只下载直到有n_cores * 3文件下载。如果不满足该约束，它会等待一分钟左右，然后再次检查。所以，大部分时间它没有运行-或者更确切地说，它正在执行Sys.sleep()的命令R。

我已经尝试在下载过程中使用更少的内核。当我这样做时，它跟不上处理脚本（我正在从 S3 进行 DLing）。

TL;DR：如果我可以htop减少红色，我的流程会运行得更快吗？它们是不是因为进程数多于核心数而变红？

我正在尝试在 R 中安装 openssl，使用install.packages('openssl')，但我收到一条错误消息：

* installing *source* package ‘openssl’ ...
** package ‘openssl’ successfully unpacked and MD5 sums checked
Found pkg-config cflags and libs!
Using PKG_CFLAGS= 
Using PKG_LIBS=-lssl -lcrypto -ldl -lz  
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
* deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
* rpm: openssl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
* csw: libssl_dev (Solaris)
* brew: openssl (Mac OSX)
If openssl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and …

我需要devtools因为我需要函数install_github来安装非 CRAN 包digitize here。我安装R了

sudo apt-get install r-cran-robustbase

我没有立即安装 R 的软件包，正如 terdon 的回答所建议的那样，但我可以更正权限：

sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/

我认为这是默认设置。然后我不得不按照 rcs 的回答建议，成功安装devtools，tpoisot/digitize但只能使用

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')

最后一个命令的输出可以是

Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
  Use `force = TRUE` to force installation

做，install_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)但你可能会得到

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save …

我正在研究矩阵、特征矩阵和网络图的数据可视化，我正在尝试通过网络图可视化一维 ECG 信号。我觉得目前的工具ggnet2，并plotly可能不够，但我还没有成功地完成了与基本的测试plotly，因为我不能把它安装。我经过3次不成功的安装尝试去plotly如根在R的提示install.packages(plotly)，但我不断收到

** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (purrr)
ERROR: dependency ‘openssl’ is not available for package ‘httr’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/httr’
ERROR: dependency ‘httr’ is not available for package ‘plotly’
* removing ‘/usr/local/lib/R/site-library/plotly’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpoWcHte/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages("plotly") :
  installation of package ‘openssl’ had non-zero exit status
2: In install.packages("plotly") :
  installation of package …

我正在尝试在我们的集群中安装 R（集群是 Red Hat Enterprise Linux 6），我没有 root 访问权限。我试过：

$wget http://cran.rstudio.com/src/base/R-3/R-3.1.1.tar.gz
$ tar xvf R-3.1.1.tar.gz
$ cd R-3.1.1
$ ./configure --prefix=/home/Kryo/R-3.1.1

但我收到一个错误：

configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

今天是星期天，我把 R 的一个实例留在了办公室里。脚本运行完毕，我想在不去办公室的情况下保存我的工作区。我可以通过 ssh 连接到计算机，但我还没有在屏幕上运行该程序。

有没有办法通过 ssh 否认该进程（我无权访问程序正在运行的终端的 jobsid！）并使用 reptyr 重新附加它？Reptyr 和 reptyr -T 在没有事先否认该过程的情况下不起作用

28845 3diag       20   0  139.3m  10.4m   0.0  0.1   0:12.06 S  `- urxvtd                                                                                      
 5327 3diag       20   0   16.4m   4.6m   0.0  0.1   0:00.02 S      `- bash                                                                                    
 5335 3diag       20   0 3499.3m 3.244g   0.0 43.3 171:57.89 S          `- R 

我的问题的独特部分是我明确要求在无法访问创建程序的终端的情况下分离程序。

我在终端中运行交互式R，但是它没有使用终端的所有宽度。它只使用了 226 个字符中的 72 个。读取任何以交互方式显示的大量列的数据是非常不舒服的R。

我正在urxvt使用debian 9,8.

我正在尝试在 Red Hat Linux 6.8 上构建并本地安装 R 4.0.4。有几个未满足的依赖项，我通过本地安装解决了这些依赖项（遵循此中的过程）。但是，我无法解决pcre2该程序的问题。这是我运行的配置命令：

./configure --with-pcre2 --prefix=$HOME/bin/R-4.0.4 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/local/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/local/bzip2-1.0.8/lib -L/$HOME/local/xz-5.2.5/lib -L/$HOME/local/pcre2-10.00/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/local/zlib-1.2.11/include"

这是我得到的错误：

checking whether PCRE support suffices... no
configure: error: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support

我还尝试使用本地安装pcre-8.44和--with-pcre1标志进行配置，但出现相同的错误。

我应该怎么做才能让配置脚本检测到pcre2本地安装？