我有一个包含基因序列的文件,例如:
ATGTGGATGGTGGGTTACAATGAAGGTGGTGAGTTCAACATGGCTGATTATCCATTCAGTGGAAGGAAACTAAGGCCTCTCATTCCAAGACCAGTCCCAGTCCCTACTACTTCTCCTAACAGCACTTCAACTATAACTCCTTCCTTAAACCGCATTCATGGTGGCAATGATTTATTTTCACAATATCATCACAATCTGCAGCAGCAAGCATCAGTAGGAGATCATAGCAAGAGATCAGAGTTGAATAATAATAATAATCCATCTGCAGCAGTTGTGGTGAGTTCAAGATGGAATCCAACACCAGAACAGTTAAGAGCACTGGAAGAATTGTATAGAAGAGGAACAAGAACACCTTCTGCTGAGCAAATCCAACAAATAACTGCCCAGCTTAGAAAATTTGGAAAAATTGAAGGCAAAAATGTTTTCTATTGGTTTCAGAATCACAAAGCCAGAGAAAGGCAAAAACGACGGCGTCAAATGGAATCAGCAGCTGCTGAGTTTGATTCTGCTATTGAAAAGAAAGACTTAGGCGCAAGTAGG
ACAGTGTTTGAAGTTGAACACACTAAAAACTGGCTACCATCTACAAATTCCAGTACCAGTACTCTTCATCTTGCAGAGGAATCTGTTTCAATTCAAAGGTCAGCAGCAGCAAAAGCAGATGGATGGCTCCAATTCGATGAAGCAGAATTACAGCAAAGAAGAAACTTTATGGAAAGGAATGCCACGTGGCATATGATGCAGTTAACTTCTTCTTGTCCTACAGCTAGCATGTCCACCACAACCACAGTAACAACTAGACTTATGGACCCAAAACTCATCAAGACCCATGAACTCAACTTATTCATTTCACCTCACACATACAAAGAAAGAGAAAACGCTTTTATCCACTTAAATACTAGTAGTACTCATCAAAATGAATCTGATCAAACCCTTCAACTTTTCCCAATAAGGAATGGAGATCATGGATGCACTGATCATCATCATCATCATCATAACATTATCAAAGAGACACAGATATCAGCTTCAGCAATCAATGCACCCAACCAGTTTATTGAGTTTCTTCCCTTGAAAAACTGA
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我正在尝试计算上述字符串中“ATG”子字符串的出现次数(只有一行没有换行符。)我的文件包含数十(10s)个这些序列,我希望能够计算出有多少“ ATG”在每个序列中。每个序列由一个空行与其他序列分开。
我尝试了 grep 但不知道我应该使用哪些选项(如果 grep 可以解决问题),我在 google 上搜索了任何 awk 示例,但没有找到。