如何从列中打印前五个最高数字？

Question

我有一个包含四列的文本文件。我需要读取到文件末尾并打印第 3 列（前 5 个值）和第 1 列中的最高数字。

输入文件

xm|340034177|ref|RT_235820.1|   139697  192 0
xm|161622288|ref|RT_340093.1|   153819  2607    0
xm|75755638|ref|RT_557407.1|    153821  1937    0
xm|108773031|ref|RT_678101.1|   161452  1688    0
xm|30352011|ref|RT_784766.1|    150568  105 0

输出.txt

xm|161622288|ref|RT_340093.1|   2607
xm|75755638|ref|RT_557407.1|    1937
xm|108773031|ref|RT_678101.1|   1688
xm|340034177|ref|RT_235820.1|   192
xm|30352011|ref|RT_784766.1|    105

Answer 1

sort -k3n,3 filename | tail -5 | cut -d " " -f1,6-7

上面的命令将在第三个字段上对文件进行排序。现在，我将此输出传送到tail命令以打印第 3 列中的前 5 个数字。但是，如果您只需要输出中的第一列和第三列，则可以将输出通过管道传输到cut命令。

测试

cat filename

T_235820.1|   139697  192 0
xm|161622288|ref|RT_340093.1|   153819  2607    0
xm|75755638|ref|RT_557407.1|    153821  1937    0
xm|108773031|ref|RT_678101.1|   161452  1688    0
xm|30352011|ref|RT_784766.1|    150568  105 0
T_235820.1|   139697  192 0
xm|161622288|ref|RT_340093.1|   153819  607    0
xm|75755638|ref|RT_557407.1|    153821  937    0
xm|108773031|ref|RT_678101.1|   161452  1881    0
xm|30352011|ref|RT_784766.1|    150568  1051 0

现在，我在这个文件上运行上面的命令。

sort -k3n,3 filename | tail -5 | cut -d " " -f1,6-7

我得到的输出是，

xm|30352011|ref|RT_784766.1|  1051
xm|108773031|ref|RT_678101.1| 1688 
xm|108773031|ref|RT_678101.1| 1881 
xm|75755638|ref|RT_557407.1|  1937
xm|161622288|ref|RT_340093.1| 2607 

编辑

您也可以为浮点数和负数添加 -g 标志，以防您的文件中有任何标志。命令看起来像，

sort -k3ng,3 filename | tail -5 | cut -d " " -f1,6-7