比较两个文本文件并找到匹配的行

Question

我有两个文件 A 和 B。 A 看起来像这样（4 到 6 行）：

GAGA
CAGA
GGGT
TATT

文件 B 是一个非常大的文件，有数千行，下面是一个简短的例子：

AAATGTCAAGAGACAGAAATGTCAAGAGGGT
AAGGGGGTTTATAATCATAAATCAAAGAAAT
ATATACAGAAATGTCAAGAGACAGAAATGTC
TCAAGAGACAGAAATGTCAAGAGGGTCTATA
AAGAGGGTCTATAATCATAAATCAAAGAAAT
AAGAGGGTCTATAATCATAAATCAAAGAAAT
ATACAGAAATGTCAAAACAGAAATGTCAAGG
ATATACAGAATATACAGAAATGTCAAGTTAT
ACAGAATATACAGAAATGTCAAGTTATATAC
ATATACAGAAATGTCAAGAGACAGAAATGTC
TCAGAATATAGTATTCTATTATATACAGAAA
AATATAGTATTCTATTATATACAGAAATGTC
GAATATACAGAAATGTCAAGTTATATACAGA
TATACAGAATATAGTATTCTATTATATACAG
CAGAATATAGTATTCTATTATATACAGAATA
AGTTATATACAGAATATAGTATTCTATTATA
TACAGAATATAGTATTCTATTATATACAGAA
CAGAAATGTCAAGTTATATACAGAATATAGT

我需要在文件 B 的所有行中搜索文件 A 中的每个字符串，并从文件 B 中恢复包含 A 中每个字符串的前 10 行。我尝试过 grep 和 awk，但效果不佳。谢谢

Answer 1

既然您的模式只有四到六行，为什么不在 OR 模式中使用它们呢？对第二个文件“bigDNA.txt”进行操作的限制为 10 个匹配项的示例：

grep -E 'GAGA|CAGA|GGGT|TATT' -m 10 bigDNA.txt

这将使您免于手动键入文件中的模式patt.txt。它通过以下方式连接行|（附加|到每一行，删除换行符，删除尾随|）：

grep -E "$(sed 's#$#|#' patt.txt | tr -d '\n' | sed 's#|$##')" -m 10 bigDNA.txt