模式匹配和删除整行

Question

如果 File1 的 Column1 与 Column 1 File2 完全匹配，我想删除文件 1 的所有行。

文件 1：

r001:21:10    21    AAAAAATTTGC    *     =    XM:21
r002:21:10    21    YAAAATTTGC     *     =    nM:21
r001:21:10    21    TTAAAATTTGC    *     =    XM:21
r0012:21:10   21    LLAAAATTTGC    *     +    XM:21
r001:21:10    21    AAAAAATTTGC    *     =    GM:21

文件2：

r001:21:10
r001:21:20
r002:41:36
r002:41:99
r002:41:87
r0012:21:1

预期输出：

r002:21:10    21    YAAAATTTGC     *     =    nM:21
r0012:21:10   21    LLAAAATTTGC    *     +    XM:21

Answer 1

你可以使用这个awk：

$ awk 'FNR==NR {a[$i]; next}; !($1 in a)' f2 f1
r002:21:10    21    YAAAATTTGC     *     =    nM:21
r0012:21:10   21    LLAAAATTTGC    *     +    XM:21

解释

• FNR==NR {a[$i]; next}它读取第一个文件并将内容保存到a数组中。
• !($1 in a)在读取第二个文件时，它会检查第一个字段是否在a数组中。如果不是，则打印该行。