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二进制文件几乎是非纯文本的所有内容，它包含以与文本编码（ASCII、UTF-8 或任何其他文本编码，例如 ISO-8859-2）不同的方式编码的数据。文本文件可以是纯文本文档，如故事或信件，也可以是配置文件或数据文件——无论如何，如果您使用纯文本编辑器打开它，其内容是可读的。二进制文件是任何不是文本文件（也不是像 fifo、目录、设备等“特殊”文件）的文件。
那可能是 mp3 音乐。那可能是一个jpg图像。那可能是一个压缩档案，甚至是一个文字处理器文档——而出于实际目的，它是文本，它被编码（写在磁盘上）为二进制文件。你需要一个特定的程序来打开它，理解它——对于文本编辑器来说，内容是一团糟。
现在，在 Linux 中，当提到“二进制可执行文件”——程序时，你经常会听到“二进制文件”。这是因为虽然大多数程序（用高级语言编写）的源代码是纯文本，但编译后的可执行文件是二进制的。由于有很多编译格式（a.out、ELF、字节码……），它们通常被称为二进制文件，而不是专注于它们具有的内部结构——从用户的角度来看，它们几乎相同。
现在，.exe 只是这些编译格式中的另一种 - 一种常见于 MS Windows 的格式。它只是一种二进制文件，针对 Windows API 进行编译和链接。