从文件中读取 grep 模式

Question

我有几个大文本文件，在文件中UNIQS.txt我有一个grep来自另一个文件的字符串列表。我使用的代码是

grep -f UNIQS.txt EEP_VSL.uniqs.sam > UNIQ_templates.sam

什么都不做 - 生成的文件是空的。但是当我这样做时

grep -F -f UNIQS.txt EEP_VSL.uniqs.sam > UNIQ_templates.sam

它工作正常。这让我感到困惑，因为我认为grep不会将条目解释UNIQS.txt为没有引号和斜杠等的正则表达式模式在文件中（没有）。一般来说，如果您从文件中获取模式，那么它会自动认为它们是正则表达式模式吗？

编辑：在UNIQS.txt文件中，有表单的换行符分隔字符串

HWI-ST365:215:D0GH0ACXX:2:1101:10034:186783

（称为模板名称）和文件EEP_VSL...制表符分隔的列，大约有14列，第一列是模板名称，所以基本上我想提取文件中每个模板对应的行。

Answer 1

该-f选项指定 grep 读取模式的文件。这就像在命令行上传递模式一样（-e如果有多个，则使用该选项），除了当您从 shell 调用时，您可能需要引用该模式以保护其中的特殊字符不被 shell 扩展。

参数-Eor-F或-P，如果有的话，告诉 grep 模式是用哪种语法编写的。没有参数，grep 需要基本的正则表达式；with -E, grep 需要扩展的正则表达式；使用-P（如果支持），grep 需要Perl 正则表达式；和-F，grep 需要文字字符串。模式是来自命令行还是来自文件并不重要。

请注意，字符串是子字符串：如果您a+b作为模式传递，a+b+c则匹配包含的行。如果要搜索仅包含所提供字符串之一的行，请传递该-x选项。