重命名文件名

Question

当前目录下存在以下文件

 GCF_000901975.1_ViralProj181986_genomic.fna.gz  
 GCF_001885505.1_ViralProj344311_genomic.fna.gz
 GCF_000901995.1_ViralProj181990_genomic.fna.gz  
 GCF_001041015.1_ViralProj287961_genomic.fna.gz

我想像这样重命名当前文件

 GCF_000901975.1
 GCF_001885505.1
 GCF_000901995.1
 GCF_001041015.1

我正在使用下面的脚本来获取它，但它失败了

 for file in `ls | grep .gz`
 do
    newfile=`echo $file | awk -F "_" '{print $1,"_",$2,".gz"| sed 's/ //g"`
    mv $file $newfile
 done

有人可以给我一些建议吗？或者也许我应该尝试“拆分”，欣赏它

Answer 1

首先，避免解析ls. 接下来，即使您有充分的理由解析ls输出（这里没有），也没有理由传递它grep：ls *gz将仅列出以 结尾的文件和目录名称gz（但请注意，它还会列出名称以 结尾的目录的内容，gz除非您使用ls -d) 和，不像ls | grep .gz不会匹配像 , 之类的文件not.a.gz.file，并且会匹配名称中带有换行符的文件。

\n

ls无论如何，您在这里根本不需要或想要，您想要for file in *gz的只是这是一种更好的方法，因为它可以处理任意文件名（只要您正确引用变量）。

\n

因此，您的循环可以更好地写为：

\n

for file in *.gz; do\n    newfile=$(echo "$file" | awk -F "_" \'{print $1"_"$2".gz"}\' | sed \'s/ //g\')\n    mv -- "$file" "$newfile"\n done\n

\n

awk请注意我如何修复您的 awk 和 sed 命令，因为您在打开该部件之前没有关闭该sed部件以及如何引用所有变量。另请注意我如何删除,awkprint语句中的 ，因为它们会OFS在每个打印项目之间添加空格（或您设置变量的任何内容）。用于-- 指示命令行选项的结尾，并确保该命令适用于以-.

\n

接下来，您实际上不需要awk或根本不需要sed。您可以使用外壳：

\n

for f in *gz; do \n    echo mv -- "$f" "${f%%_V*}"\ndone\n

\n

语法${variable%%pattern}( "${f%%_V*}") means "return the value of $variable after removing the longest string matching $pattern from the end". So, in this case, it means "remove everything from the first _V` 。您可以在此处which comes before a阅读有关它的更多信息：

\n

\n

${参数%%字}

\n

该单词被扩展以产生模式并根据下面描述的规则进行匹配（请参阅模式匹配）。如果模式与参数扩展值的尾部部分匹配，则扩展的结果是具有最短匹配模式（\xe2\x80\x98%\xe2\x80\x99 情况）或最长匹配模式的参数值匹配模式（\xe2\x80\x98%%\xe2\x80\x99 情况）已删除。如果参数为 \xe2\x80\x98@\xe2\x80\x99 或 \xe2\x80\x98 \xe2\x80\x99，则模式删除操作依次应用于每个位置参数，扩展为结果列表。如果参数是下标为 \xe2\x80\x98@\xe2\x80\x99 或 \xe2\x80\x98 \xe2\x80\x99 的数组变量，则模式删除操作将依次应用于数组的每个成员，展开就是结果列表。

\n

\n

一旦您对它按预期工作感到满意，请删除echo并再次运行它以实际重命名文件。

\n

最后，如果你有 perl-rename （称为rename在基于 Debian 的 Linux 发行版上调用），您还可以执行以下操作：

\n

$ rename -n -- \'s/_V.*//s\' *gz\nGCF_000901975.1_ViralProj181986_genomic.fna.gz -> GCF_000901975.1\nGCF_000901995.1_ViralProj181990_genomic.fna.gz -> GCF_000901995.1\nGCF_001041015.1_ViralProj287961_genomic.fna.gz -> GCF_001041015.1\nGCF_001885505.1_ViralProj344311_genomic.fna.gz -> GCF_001885505.1\n

\n

如果看起来没问题，请删除-n来实际重命名文件。

\n