如果下一行以模式开头，则删除该行

Question

如果一行不是以“a”“c”“t”或“g”开头，并且下一行以“>”开头，我想删除它。在以下示例中，删除了“`>seq3”。

输入：

>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq3
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

预期输出：

>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

我试过 sed ( sed '/^>.*/{$!N;/^>.*/!P;D}'and sed '/^>/{$d;N;/^[aA;cC;gG;tT]/!D}') 但没有成功。

Answer 1

你可以尝试这样的事情：

$ sed -e '$!N;/^>.*\n>/D' -e 'P;D' file
>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca

那是

• 维护一个两行缓冲区$!N...P;D
• 寻找一个以换行符开头>并>在换行符之后有另一个的模式
• 删除到换行符