使用 xargs 将 `ls` 输出重定向到另一个命令

Question

在我正在处理的目录中，我有两个扩展名为 的文件.sam：

PD180425_aligned_minimap.sam
PD180793_aligned_minimap.sam

对于这两个文件中的每一个，我都需要应用如下所示的命令：

samtools view -Sb pattern.sam > pattern.bam

我正在尝试使用xargs它。我想要做的是在之前捕获前缀_aligned_minimap并使用它来保存到我的输出。我尝试的是以下内容：

ls *.sam | cut -d "_" -f 1 | xargs -i samtools view -Sb {}_aligned_minimap.sam > {}_aligned_minimap.bam

我希望必须生成 iePD180425_aligned_minimap.bam和PD180793_aligned_minimap.bam. 尽管我的命令正在运行，但我在我正在处理的目录中看到该文件{}_aligned_minimap.bam已生成，这表明我尝试使用 xargs ( PD180425and PD180793)捕获的输入不起作用。

我该怎么做呢？

Answer 1

我对此的首选方法是这样的：

for SAM_FILE in *.sam; do
    samtools view -Sb "$SAM_FILE" > "${SAM_FILE/sam/bam}"
done

可以做成一个像

for SAM_FILE in *.sam; do samtools view -Sb "$SAM_FILE" > "${SAM_FILE/sam/bam}"; done

这使用参数扩展来更改输出文件扩展名：https : //wiki.bash-hackers.org/syntax/pe

在我看来，如果您或其他人以后偶然发现您的脚本，这种风格可以清楚地表明您要做什么。