将文件列表的文本文件中的行传递给或作为参数

Question

我有一个文件，每行有两个文件名，如下所示：

file1.fastq.gz file2.fastq.gz
...
file9fastq.ga file10fastq.gz

如何将这两个名称作为脚本的参数传递？

Answer 1

使用while read循环：

while read -r file1 file2 trash; do
  something with "$file1" and "$file2"
done < /path/to/input_file

这将逐行读取您的输入文件，分别设置file1和file2使用第一列和第二列。 trash可能没有必要，但我喜欢包含它来处理您可能遇到的事情，例如：

file1.fastq.gz file2.fastq.gz foo

如果您的文件包含与上述类似的一行，并且您没有包含该trash变量（或类似的），则您的file2变量将设置为：file2.fastq.gz foo