使用 awk 比较文件并合并两个文件的输出？

Question

我正在尝试比较两个文件awk，我想从两个文件中打印数据作为输出。我比较的文件如下。

文件1：

gene             feature id            fc         
a                gene                 MSTRG.1.1           
b                gene                 MSTRG.1.2   
c                gene                 MSTRG.2.1 
d                gene                 MSTRG.3.1   

文件2：

MSTRG.1.1       ALLMI        
MSTRG.3.1       COTJA   
MSTRG.4.1       SORCY 

我一直在使用以下命令：

$ awk -F '\t' 'BEGIN{OFS=FS} NR==FNR {a[$1]=$1; next} $3 in a {print $1}' File2 File1

我希望输出是：

a ALLMI
c COTJA
d SORCY,

但是，目前我只得到以下输出：

a    
c    
d

这两个文件都以制表符分隔，所以我不确定为什么我的命令不起作用？

Answer 1

awk 解决方案

这个怎么样。不给你提供确切的输出，但我不确定为什么d SORCY，会打印，因为d是MSTRG3.1，这是COTJA。

无论如何，这就去。首发十人。在 GNU Awk v4.0.2 上运行良好。

$ awk 'NR==FNR{a[$1]=$2}NR!=FNR&&FNR>1&&a[$3]{print $1,a[$3]}' file2 file1
a ALLMI
d COTJA
$

如果 NR 与 FNR 相同，则我们在第一个文件上，因此填充数组。

如果 NR 与 FNR 不同，则我们在第二个文件上，因此一旦我们越过此文件的第一条记录（标题），并且如果数组中存在字段 3，则打印它。

“打高尔夫球”的awk解决方案

可读性较差，但代码较短。

awk 'NR==FNR{a[$1]=$2}a[$3]{print$1,a[$3]}' file{2,1}

加入解决方案

或者，如果您不是特别需要使用 实现它awk，只需使用join.

$ join -1 3 -2 1 -o "1.1 2.2" file1 file2
a ALLMI
d COTJA
$

使用文件 1 ( -1 3) 中的字段 3和文件 2 ( -2 1) 中的字段 1 连接文件。然后从文件 1 打印字段 1，从文件 2 打印字段 2。答对了。