将 fasta 文件转换为纯文本

Question

如何将带有“>”的fasta格式转换为纯文本文件ex。输入：fasta文件

>1M14
GATCGGACTAGCTAA

输出：纯文本文件

GATCGGACGAGCTAA

Answer 1

fasta 文件格式已经是纯文本格式。您要做的是将您的 fasta 文件转换为仅包含 DNA 序列的文件。

要从 fasta 文件中删除所有标题行，只需删除以 开头的行>：

grep -v '^>' fastafile >newfile

您可能需要查看StackExchange Bioinformatics 站点。

该grep -v命令删除与给定正则表达式匹配的行。正则表达式^>匹配以字符开头的行>。

有关如何反向、补充和/或反向互补仅包含 DNA 序列的文件，请参阅我对您之前问题之一的回答的结尾。