如何在 Slurm 上取消作业 ID（作业编号）大于某个数字的作业？

Question

我已经在 Slurm 上提交了 800 个工作。我想取消那些作业 ID/编号大于数字的作业（因为它们有错误）。我不想取消我所有的作业，因为有些正在运行，有些在队列中是正确的。

Answer 1

它不是严格回答如何取消大于给定数字的作业，但它可以解决@mona-jalilvand 试图解决的问题：取消此处描述的范围内的作业

scancel  {1000..1050}

比进入 bash 脚本要简单得多……对我来说效果很好。

Answer 2

您需要使用squeue获取属于您的所有作业的列表，然后循环该列表并取消与您的条件匹配的每个作业（作业 ID 大于 X）scancel。

squeue有非常灵活的输出选项，通过它的-o又名--format选项，您可以告诉它准确打印您想要的内容。在本例中，我们只需要工作编号。根据，格式字符串man squeue为：%i

%i作业或作业步骤 ID。

对于作业数组，作业 ID 格式将采用“_”形式。默认情况下，作业数组索引字段大小将限制为 64 字节。使用环境变量 SLURM_BITSTR_LEN 指定更大的字段大小。（对作业和作业步骤有效）在异构作业分配的情况下，作业 ID 格式将采用“#+#”形式，其中第一个数字是“异构作业领导者”，第二个数字是“异构作业领导者”，第二个数字是零源偏移量。工作的每个组成部分。

以下 sh 脚本使用它：

#!/bin/sh

if [ -z "$1" ] ; then
    echo "Minimum Job Number argument is required.  Run as '$0 jobnum'"
    exit 1
fi

minjobnum="$1"

myself="$(id -u -n)"

for j in $(squeue --user="$myself" --noheader --format='%i') ; do
  if [ "$j" -gt "$minjobnum" ] ; then
    scancel "$j"
  fi
done

将其另存为，例如，cancel-jobs.sh使用 使其可执行chmod +x cancel-jobs.sh，然后运行它以./cancel-jobs.sh 50000取消作业 ID 大于 50,000 的所有作业。

如果您希望取消大于或等于最小作业编号的作业编号，请将 更改-gt为-ge。

一个小的优化是不单独取消每个作业，而是建立一个匹配作业编号的列表，然后通过一次调用将它们全部取消scancel。

例如，使用 bash 数组来保存作业编号：

#!/bin/bash

declare -a jobs=()

if [ -z "$1" ] ; then
    echo "Minimum Job Number argument is required.  Run as '$0 jobnum'"
    exit 1
fi

minjobnum="$1"

myself="$(id -u -n)"

for j in $(squeue --user="$myself" --noheader --format='%i') ; do
  if [ "$j" -gt "$minjobnum" ] ; then
    jobs+=($j)
  fi
done

scancel "${jobs[@]}"

这与第一个脚本执行相同的操作，但效率稍高一些。