对多个文件运行命令

Question

我有一个文件夹，里面有很多文件（xyz1、xyz2，一直到 xyz5025），我需要在每个文件上运行一个脚本，得到 xyz1.faa、xyz2.faa 等等作为输出。

单个文件的命令是：

./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11

有没有办法自动做到这一点？也许是一个for-do组合？

Answer 1

for file in xyz*
do
  ./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11
done

这是一个简单的for循环，它将遍历xyz当前目录中以开头的每个文件，并./transeq以文件名作为第一个参数调用程序，文件名后跟“.faa”作为第二个参数，后跟“-table 11” .

或者，作为单行：`for file in xyz*; 做 ./transeq "$file" "${file}.faa" -table 11; 完成`。我一直在打这种东西。如果你想验证文件名等是否按照你想要的方式扩展，只需在第一次在 `do` 之后添加一个 `echo`，然后返回你的 shell 历史记录并在第二次删除它时间。 (4认同)
请注意，如果您以部分运行结束并想重新启动循环，`xyz*` glob 也会选择 .faa 文件。对于 bash，运行 `shopt -s extglob`（[reference](https://www.gnu.org/software/bash/manual/html_node/Pattern-Matching.html#Pattern-Matching)），然后使用 `for file在 xyz!(*.faa) ...` 中排除 .faa 文件通过循环发送。 (2认同)

Answer 2

如果您安装GNU Parallel，您可以像这样并行执行：

parallel ./transeq {} {}.faa -table 11 ::: xyz*

如果你的程序是 CPU 密集型的，它应该会加速很多。

Answer 3

您可以在bash命令行上执行以下操作：

printf '%s\n' {1..5025} | xargs -l -I {} -t ./transeq xyz{} xyz{}.faa -table 11

我们正在生成从 1 到 5025 的整数，一个/行，然后将它们一一提供给 xargs，xargs 将整数封装{}到 ./transeq 命令行中，然后以适当的方式将其移植到 ./transeq 命令行中。

如果您没有大括号扩展工具，{n..m}那么您可以调用该seq实用程序来生成这些数字。

或者，您始终可以通过以下方式模拟数字生成：

yes | sed -n =\;5025q | xargs ...