如何安装 R 的 devtools 并进行数字化？

Question

我需要devtools因为我需要函数install_github来安装非 CRAN 包digitize here。我安装R了

sudo apt-get install r-cran-robustbase

我没有立即安装 R 的软件包，正如 terdon 的回答所建议的那样，但我可以更正权限：

sudo chmod 755 /usr/lib/R/site-library/

我认为这是默认设置。然后我不得不按照 rcs 的回答建议，成功安装devtools，tpoisot/digitize但只能使用

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev
R
install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install.packages('readbitmap')
install_github('tpoisot/digitize')

最后一个命令的输出可以是

Skipping install for github remote, the SHA1 (d16e28b9) has not changed since last install.
  Use `force = TRUE` to force installation

做，install_github('tpoisot/digitize', force = TRUE)但你可能会得到

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpX8eOLX/devtools57475d25a113/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

Error: ERROR: no permission to install to directory ‘/usr/local/lib/R/site-library’
Error: Command failed (1)

我找不到没有sudo. 这样做sudo R，并重复相同的操作，您会得到

...
'/usr/lib/R/bin/R' --no-site-file --no-environ --no-save --no-restore --quiet  \
  CMD INSTALL '/tmp/RtmpAlAT4e/devtools57e864e8c490/tpoisot-digitize-d16e28b'  \
  --library='/usr/local/lib/R/site-library' --install-tests 

* installing *source* package ‘digitize’ ...
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (digitize)

添加masi到现有组staff以在没有sudoin 的情况下工作R；您在全新安装中也需要

sudo usermod -a -G staff masi

安装测试

1. 我按照这里的指南。我开始R在$HOME/Pictures/没有sudo和使用他们的测试图像在这里。

2. 用鼠标在轴上选择四个点 cal = digitize::ReadAndCal('Rintro-snail1.jpg')

3. 做data.points = digitize::DigitData(col = 'red')和选择手动点是你的数据点

4. 我通过第二次单击关闭 Plot 窗口。

5. 做df = digitize::Calibrate(data.points, cal, 0.1, 0.4, 0.0, 0.6)和看到df

          x  y
   1  71.50 NA
   2  65.65 NA
   ...
   24 26.80 NA
   

   正在做 head(df)

         x  y
   1 71.50 NA
   2 65.65 NA
   3 64.60 NA
   4 60.85 NA
   5 59.05 NA
   6 58.15 NA
   

安装详情

• 在R与无sudo

  > .Library
  [1] "/usr/lib/R/library"
  > > .libPaths()
  [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library"      
  [3] "/usr/lib/R/library"  
  

• ls /usr/lib/R/library/未列出的命令devtools。为什么？

  base       compiler   grid        methods   rpart    survival
  boot       datasets   KernSmooth  mgcv      spatial  tcltk
  class      foreign    lattice     nlme      splines  tools
  cluster    graphics   MASS        nnet      stats    translations
  codetools  grDevices  Matrix      parallel  stats4   utils
  

• 命令 ls -la /usr/local/lib/R/

  total 12
  drwxrwsr-x 3 root staff 4096 touko 19 22:25 .
  drwxr-xr-x 5 root root  4096 touko 19 22:25 ..
  drwxrwsr-x 2 root staff 4096 touko 19 22:25 site-library
  

• 命令 ls -la /usr/local/lib/

  total 20
  drwxr-xr-x  5 root root  4096 touko 19 22:25 .
  drwxr-xr-x 14 root root  4096 touko 19 22:13 ..
  drwxrwsr-x  4 root staff 4096 huhti 21 01:13 python2.7
  drwxrwsr-x  3 root staff 4096 huhti 21 01:08 python3.5
  drwxrwsr-x  3 root staff 4096 touko 19 22:25 R
  

• 命令 R_LIBS_USER="/usr/local/lib/R/site-library/" R

   R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
   Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
   Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
   ...
  

• library(devtools) 被加载

差速器

• 这个项目更受欢迎，可以更好地工作 https://github.com/markummitchell/engauge-digitizer

以前的错误的原因

• 没有干净的系统：从 14.04、15.10 等升级的系统。
• 由于之前的事情搞砸了权限/所有者。
• 过程中自己犯错。
• 发生故障时没有备份。
• ...
• 缺少文档

系统：全新安装的 Ubuntu 16.04 64 位
硬件：Dell PC 2013、Macbook Air 2013-mid、...

Answer 1

httr导入openssl需要作为系统要求的包libssl-dev( sudo apt install libssl-dev)

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because openssl was not found. Try installing:
 * deb: libssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

该curl软件包需要作为系统要求libcurl4-openssl-dev：

------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
...

因此，要安装，您需要运行：

sudo apt-get install libssl-dev
sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev

然后使用sudo Rand启动 R shell ：

install.packages('httr')
install.packages('git2r')
install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github('tpoisot/digitize')