如何使用awk从列中删除符号

Question

我有这样的数据：

chr1    134901  139379  -   "ENSG00000237683.5";
chr1    860260  879955  +   "ENSG00000187634.6";
chr1    861264  866445  -   "ENSG00000268179.1";
chr1    879584  894689  -   "ENSG00000188976.6";
chr1    895967  901095  +   "ENSG00000187961.9";

我通过解析 GTF 文件生成

如果可能，我想使用 awk 或 sed 从第 5 列中删除"'s 和;'s。结果如下所示：

chr1    134901  139379  -   ENSG00000237683.5
chr1    860260  879955  +   ENSG00000187634.6
chr1    861264  866445  -   ENSG00000268179.1
chr1    879584  894689  -   ENSG00000188976.6
chr1    895967  901095  +   ENSG00000187961.9

Answer 1

使用gsub：

awk '{gsub(/\"|\;/,"")}1' file
chr1    134901  139379  -   ENSG00000237683.5
chr1    860260  879955  +   ENSG00000187634.6
chr1    861264  866445  -   ENSG00000268179.1
chr1    879584  894689  -   ENSG00000188976.6
chr1    895967  901095  +   ENSG00000187961.9

如果你想操作仅在第五场和保存在其他领域的任何报价或分号：

awk '{gsub(/\"|\;/,"",$5)}1' file 

Answer 2

如果您的数据的格式完全如图所示（即没有其他"或;其他需要保留的列），那么您可以简单地使用tr删除这些字符：

tr -d '";' < input.txt > output.txt

Answer 3

使用 sed 删除所有 '";' 实例： sed -i 's/[";]//g' file

仅从第 5 列 sed 中删除可能不是最佳选择。