逐行合并来自两个文件的信息

Question

我有 2 个文件作为输入：

文件 1（空格分隔）

ID POS a0 a1
SNP1 123 A C
SNP2 456 T C
SNP3 789 G A

文件 2（空格分隔）

0 1 0 1 0 0 0 1
1 1 0 0 1 0 0 1
0 1 1 1 0 0 0 1

所需的输出

A C A C A A A C
C C T T C T T C
G A A A G G G A 

文件 2 中的每一行代表文件 1 中的 1 行，诀窍是分别用 0 和 1 替换 a0 和 a1 中的相应字母。这只是一个小例子，真实的文件很大，超过60万行。

我正在寻找 awk 或 perl 解决方案。

Answer 1

作为一个难以辨认的 awk 语句

$ awk 'NR>1{a[0]=$3;a[1]=$4;getline<f;for(i=1;i<=NF;i++)$i=a[$i];print}' f=file2 file1
A C A C A A A C
C C T T C T T C
G A A A G G G A

更具可读性：

awk '
    # skip the header in file1
    NR == 1 {next}
    {
        # read the values from the file1 line
        a[0] = $3
        a[1] = $4

        # replace the current record with the corresponding line from the map file
        getline < map_file

        # and now substitute the 0/1 with the values
        for (i=1; i<=NF; i++)
            $i = a[$i]
        print
    }
' map_file=file2  file1