mpirun 无法识别 $PATH 中的程序

Question

不知何故mpirun未能承认我的$PATH. PyroDist我所拥有的程序$PATH有效：

$ PyroDist
Can't find asked option -in
PyroDist - pairwise distance matrix from flowgrams
-in     string            flow file name
-out    stub              out file stub
Options:
-ni                       no index in dat file
-rin    string            lookup file name

并使用mpirun完整路径运行它也可以：

$ mpirun -np 4 ../bin/PyroDist -in C005.dat -out foo
0: Read data
0: Broadcast data
0: Broadcast flows
nN=2094 nM=360 nSize=753840

但这失败了：

$ mpirun -np 4 PyroDist
Missing: program name
Program PyroDist either does not exist, is not 
executable, or is an erroneous argument to mpirun.

由于我将使用一组复杂的工作流，因此使用完整路径是不可行的。有任何想法吗？

（Linux 2.6.32 上的 openmpi 1.2.7）

Answer 1

mpirun可能使用execv()调用来运行程序而不是调用execvp()（它会在PATH）。

第一个解决方法：让 shell 自己查找命令：

mpirun -np 4 $(which PyroDist) -in C005.dat -out foo

否则：我能想到的两个（不太好）的解决方法：

1. /usr/bin/env与参数一起使用PyroDist，但这需要mpirun允许以某种方式与程序一起传递参数。

2. 编写自己的包装器，例如：

   #!/bin/sh
   PyroDist
   

   并将其放置在具有“固定”相对路径的某处。