匹配文件名的正面和背面时的for循环

Question

我正在尝试设置一个 for 循环来对成对的文件运行一个进程。文件名看起来像这样

36_002_CGATGT_L001_ R1 _005.fastq.gz
36_002_CGATGT_L001_ R2 _005.fastq.gz

36_002_CGATGT_L001_ R1 _002.fastq.gz
36_002_CGATGT_L001_ R2 _002.fastq.gz

62_013_AGTCAA_L001_ R1 _003.fastq.gz
62_013_AGTCAA_L001_ R2 _003.fastq.gz

我需要在以下命令中使用每一对

sickle pe -f 36_002_CGATGT_L001_R1_005.fastq.gz \
 -r 36_002_CGATGT_L001_R2_005.fastq.gz\
 -o trimmed_36_002_CGATGT_L001_R1_005.fastq.gz\
 -p trimmed_36_002_CGATGT_L001_R2_005.fastq.gz\
 -s 36_002_CGATGT_L001_singles_005.fastq.gz

首先，我正在尝试：

for n in *R1*; do m='basename $n R2' ; echo $m; done

但显然这种方法不起作用，因为文件名的正面和背面都很重要。我是否需要重命名文件，以便 R1 和 R2 是名称的最后一部分？这会很尴尬但并非不可能

Answer 1

如果您的 shell 支持 ksh${var/search/replace}形式的参数扩展（ksh93, zsh, mksh, yash, bash）：

for r1 in *R1*; do
  r2=${r1/R1/R2}
  singles=${r1/R1/singles}
  trimmed1=trimmed$r1
  trimmed2=trimmed$r2
  sickle pe -f "$r1" \
   -r "$r2" \
   -o "$trimmed1" \
   -p "$trimmed2" \
   -s "$singles"
done

POSIXly，你可以做

 r2=${r1%%R1*}R2${r1#*R1}