排序不适用于类似条目

Question

我在将文件与另一个文件连接之前对其进行排序，使用

sort -k1 file1 > file1_sort

当我尝试加入第二个文件时，我收到一条错误消息，指出 file1 未排序。我认为这是由于以下条目而发生的：

chr6_32609371_I I2 D 
chr6_32609371 T C

在我的排序文件中，“chr6_32609371”行需要放在“chr6_32609371_I”之前。有没有我可以添加到 sort 命令中的参数来实现这一点？

Answer 1

问题是sort -k1不会根据第一个字段排序，而是从第一个字段到行尾。来自man sort（强调我的）：

KEYDEF 为 F[.C][OPTS][,F[.C][OPTS]] 开始和停止位置，其中 F 是字段编号，C 是字段中的字符位置；两者都是原点 1，停止位置默认为线的末端。

因此，-k1在比较chr6_32609371_I I2 D到chr6_32609371 T C，自I之前T，它是当你看到排序。为了解决这个问题，你应该告诉sort只通过传递开始和结束位置来考虑第一个字段：

sort -k1,1 file