标签: r

几个月前，我在 Fedora-20 系统上安装了 r 语言和 r studio。在那之后，我开始忙碌，现在又回到了它。我想知道我的 R 版本是什么，但找不到任何帮助。是否有任何命令/函数可以用来找出 r 和 rstudio 的版本？

尝试在我的 linux 上的 R 中安装 RODBC 时，我遇到了一些缺少标头的问题。谁能帮我解决这个问题？

> install.packages("RODBC")

Installing package(s) into ‘/home/administrator/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12’
(as ‘lib’ is unspecified)

trying URL 'http://cran.cnr.Berkeley.edu/src/contrib/RODBC_1.3-2.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 1108358 bytes (1.1 Mb)

opened URL
==================================================
downloaded 1.1 Mb

* installing *source* package ‘RODBC’ ...
checking for gcc... gcc
checking for C compiler default output file name... a.out
checking whether the C compiler works... yes
checking whether we are cross compiling... no
checking for suffix of executables... 
checking for suffix of object files... o
checking …

我正在尝试在 RHEL 7 上安装 R。我正在使用 epel-release-7-2.noarch.rpm 并解决了许多依赖项（通过手动 .rpm 安装一个一个），但在依赖项解析结束时我得到了这些错误：

--> Finished Dependency Resolution Error: Package: R-core-3.1.1-7.el7.x86_64 (epel) Requires: tex(dvips) Error: Package: R-core-devel-3.1.1-7.el7.x86_64 (epel) Requires: texinfo-tex Error: Package: R-java-devel-3.1.1-7.el7.x86_64 (epel) Requires: java-devel Error: Package: R-core-3.1.1-7.el7.x86_64 (epel) Requires: tex(latex) Error: Package: R-core-devel-3.1.1-7.el7.x86_64 (epel) Requires: tex(latex) You could try using --skip-broken to work around the problem You could try running: rpm -Va --nofiles --nodigest

我使用的系统没有注册到 Red Hat Subscription Management，所以我不能使用 subscription-manager 来注册它并解决依赖关系。

我在哪里可以找到 tex(dvips) 和 tex(latex)？我正在尝试从 mirror.centos.org/centos/7/os/x86_64/Packages/ 下载它，但我仍然没有找到正确的文件

更新： 最后我自己解决了更新 RHEL 存储库的问题： cd /etc/yum.repos.d/ …

按照此处的说明，我已经设置了一个新的 SublimeText 安装以与 R 一起使用。我没有安装其他 SublimeText 插件。使用上述链接中的说明设置的键盘快捷键不起作用。我已经按照教程中的说明设置了我的用户密钥绑定文件。

“默认”键绑定文件中没有冲突的键绑定。

尽管如此，我可以通过单击菜单在 REPL 中执行我的 R 代码：

工具 > SublimeREPL > REPL 中的 Eval > 选择 ( Ctrl+ Shift+ R)

如果我真的按下Ctrl+ Shift+R快捷方式，则什么也不会发生。

这是我的用户密钥绑定文件的副本：

[
// Modified Sublime-REPL keybindings for an "R-friendly" set of shortcuts.
// For more information, see http://tomschenkjr.net/2012/05/17/using-sublime-text-2-for-r/

// Executes a selection of text in REPL, latter only displays code and does not execute
{ "keys": ["ctrl+shift+r"], "command": "repl_transfer_current", "args": …

每次 RStudio 启动时，它都会检查并创建 ~/R（如果它不存在）。我想在别处改变这条路。我该如何进行此配置？

我知道

HOME=/some/path rstudio

将工作。但是我可以通过一些配置文件进行配置吗？

我刚刚将我的 Ubuntu 桌面 10.10 升级到 11.04。我一切正常，除非尝试将当前的 R 2.12.1 更新到 R 2.13.0。

我按照自述文件：

http://cran.r-project.org/bin/Linux/Ubuntu/README

并添加

deb http://cran.xl-mirror.nl/bin/Linux/Ubuntu natty/
deb-src http://cran.xl-mirror.nl/bin/Linux/Ubuntu natty/
deb http://nl.archive.Ubuntu.com/Ubuntu/ natty-backports restricted main multiverse universe

给我的

/etc/apt/sources.list

并且还添加了

CRAN 上的 Ubuntu 档案使用“Michael Rutter”的密钥签名，密钥 ID 为 E084DAB9。您可以使用

  gpg --keyserver keyserver.Ubuntu.com --recv-key E084DAB9

然后将其提供给 apt-key

   gpg -a --export E084DAB9 | sudo apt-key add -

它出现在突触包管理器中（所以我认为它有效）。

但是在运行时sudo apt-get update我收到一条错误消息：

阅读包裹清单...错误！

E: 遇到没有包的部分: 标题 E: MergeList 有问题 /var/lib/apt/lists/cran.xl-mirror.nl_bin_linux_ubuntu_natty_en E: 包列表或状态文件无法解析或打开。E: _cache->open() 失败，请报告。

和

初始化包信息时出现无法解决的问题。

请针对“update-manager”包报告此错误，并包含以下错误消息：

'E:Encountered a section with no …

当尝试通过 Brew 安装 R 时，我收到以下输出和错误：

==> Pouring pcre-8.43.mojave.bottle.tar.gz 
cp: /usr/local/Cellar/pcre/./8.43: 
cp: /var/folders/3l/zsdg6x9x61g8nhnb8f6pxzvw0000gn/T/d20190415-7574-1t8em0n/pcre/./8.43: unable to copy extended attributes to /usr/local/Cellar/pcre/./8.43: Permission denied
cp: /usr/local/Cellar/pcre/./8.43/INSTALL_RECEIPT.json: No such file or directory
cp: /usr/local/Cellar/pcre/./8.43/bin: No such file or directory

....

cp: utimes: /usr/local/Cellar/pcre/.: Operation not permitted
Error: Failure while executing; `cp -pR /var/folders/3l/zsdg6x9x61g8nhnb8f6pxzvw0000gn/T/d20190415-7574-1t8em0n/pcre/. /usr/local/Cellar/pcre` exited with 1. Here's the output:
cp: /usr/local/Cellar/pcre/./8.43: Permission denied
cp: /var/folders/3l/zsdg6x9x61g8nhnb8f6pxzvw0000gn/T/d20190415-7574-1t8em0n/pcre/./8.43: unable to copy extended attributes to /usr/local/Cellar/pcre/./8.43: Permission denied

....

Warning: Bottle installation failed: building from source.
Error: …

我目前在 Ubuntu 中使用R 2.15.3（安全毯）。R 3.0已经发布，但我无法使用 apt-get 更新到它。如果我从 cran 网站从 tar.gz 安装它会不会有什么问题？

我试图让 R 在 UNIX 中做一些非常基本的绘图等，但是我收到了一个与 X11 相关的奇怪错误，据我所知，我什至不需要 X11。

我有一个矩阵名称d，想保存该矩阵的热图图像，而无需实际显示图像（因为我不想使用 X11）。这是我的代码：

png(file="my_image.png")
heatmap(d)
dev.off()

问题是我收到以下错误：

Error in X11(paste("png::", filename, sep = ""), g$width, g$height, pointsize,  :
  unable to start device PNG

另外： 警告信息：

In png(file = "interative_hen.png") :
  unable to open connection to X11 display ''

我不知道这种情况正在发生，因为我不知道 R 是如何需要 X11 的，即使它需要 X11，X11 也已安装并为我测试过的每个应用程序正常工作。

我使用 MS Word 2010 将文档另存为 .pdf 文件，有些图像上有奇怪的额外线条。无论源文档是 .doc 文件还是 .docx 文件，都会发生这种情况：

谁能解释发生了什么，我能做些什么？

注意：我真的在寻找关于 MS Word 发生了什么以及如何让它正确创建我的 PDF 的解释，而不是我可以用来从 .doc 或 .docx 文件创建 .pdf 文件的其他程序。

编辑：当我最初问这个问题时，我根本不知道图像的来源很重要，但是因为我发现问题的一部分是 R 统计程序生成具有透明度的图像（不通知用户） ，我正在R为这个问题添加标签。这个问题很可能在不使用 R 的情况下突然出现，但是有很多人使用 R 生成图像以在 MS Word 中使用然后输出到 PDF，如果他们应该能够更容易地找到这个问题比我更聪明，并猜测图像的来源可能很重要。